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- PDB-6axv: Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid prot... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6axv | ||||||
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Title | Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) | ||||||
![]() | HIV-1 capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid protein / hexamer / T58S/T107I/P122A mutant / PF-3450074 (PF74) complex | ||||||
Function / homology | ![]() viral budding via host ESCRT complex / viral process / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Identification of a novel element in HIV-1 capsid critical for assembly and maturation Authors: Novikova, M. / Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G. / Freed, E.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 78.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 809.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 810.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6axsC ![]() 6axtC ![]() 6axxC ![]() 6axyC ![]() 4xfxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25602.416 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 133-363 / Mutation: T58S, T107I, P122A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-1B0 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.23 % / Mosaicity: 0.24 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG3350, NaI, Sodium cacosylate, Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Dec 1, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000031 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.77→46.5 Å / Num. obs: 7089 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 63.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 72267 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4XFX Resolution: 2.77→46.499 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.43
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.28 Å2 / Biso mean: 67.3506 Å2 / Biso min: 26.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.77→46.499 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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