PDB-6art: Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Apo enzyme in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6art

タイトル

Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Apo enzyme in complex with cesium ions

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / thiolase / Claisen Condensation / monovalent cation binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosterol biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structure of Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Trapped Tetrahedral Reaction Intermediates and Activation by Monovalent Cations
著者: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B.

履歴

登録	2017年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6art.cif.gz	597.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6art.ent.gz	492.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6art.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6art_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6art_full_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示
XML形式データ	6art_validation.xml.gz	63.8 KB	表示
CIF形式データ	6art_validation.cif.gz	95.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6art ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6art	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aqpC 6areC 6arfC 6argC 6arlC 6arrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6arg-d 6arf-d 6aqp-d 1m4s-d 1nl7-d 2vtz-d 2vu0-d 5lp7-1 6arr-d 1m1t-d 5xz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (11) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

C: Acetyl-CoA acetyltransferase

D: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.370, 105.290, 110.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase 分子量: 41007.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G04000 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WCL5, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.69 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 21% PEG 3350, 0.1M CsCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 1.4586 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月25日

放射

モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.4586 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→67.46 Å / Num. obs: 73455 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.33 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.3	5.8	0.351	4319	0.926	0.159	0.387	95.6
11.02-67.46	6.6	0.053	660	0.982	0.023	0.058	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.34 Å	104.66 Å
Translation	8.34 Å	104.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ収集
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	dev_2747	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→56.91 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	3811	5.19 %
R_work	0.1522	-	-
obs	0.1543	73451	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.99 Å² / B_iso mean: 34.323 Å² / B_iso min: 5.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→56.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11320	0	37	1100	12457
B_iso mean	-	-	33.83	33.21	-
残基数	-	-	-	-	1582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	15767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.811	4229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.25-2.2756	0.2378	268	0.211	4554	4822
2.2756-2.3024	0.2484	246	0.1928	4595	4841
2.3024-2.3304	0.2271	256	0.1856	4472	4728
2.3304-2.3599	0.2378	276	0.1795	4565	4841
2.3599-2.391	0.2063	202	0.1751	4668	4870
2.391-2.4237	0.2399	266	0.1765	4479	4745
2.4237-2.4584	0.2216	268	0.1761	4649	4917
2.4584-2.4951	0.2167	232	0.1688	4564	4796
2.4951-2.5341	0.2207	251	0.1689	4560	4811
2.5341-2.5756	0.188	245	0.1654	4563	4808
2.5756-2.62	0.2086	218	0.1588	4592	4810
2.62-2.6677	0.2295	206	0.1756	4577	4783
2.6677-2.719	0.2241	286	0.1788	4594	4880
2.719-2.7745	0.2365	238	0.1716	4632	4870
2.7745-2.8348	0.2147	242	0.1653	4545	4787
2.8348-2.9007	0.2081	300	0.1671	4469	4769
2.9007-2.9733	0.1994	246	0.16	4605	4851
2.9733-3.0537	0.1968	282	0.1567	4541	4823
3.0537-3.1435	0.1923	216	0.1621	4551	4767
3.1435-3.245	0.1783	235	0.1543	4642	4877
3.245-3.3609	0.2039	267	0.1535	4535	4802
3.3609-3.4955	0.1897	288	0.1554	4513	4801
3.4955-3.6545	0.18	218	0.1484	4623	4841
3.6545-3.8472	0.1926	276	0.1365	4532	4808
3.8472-4.0881	0.1712	287	0.1292	4536	4823
4.0881-4.4037	0.1407	240	0.118	4600	4840
4.4037-4.8466	0.1386	200	0.1136	4597	4797
4.8466-5.5474	0.1632	273	0.1269	4590	4863
5.5474-6.9872	0.1992	167	0.1432	4638	4805
6.9872-56.9282	0.1685	306	0.1393	4483	4789

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5353	-0.2021	-0.4869	0.8371	0.5844	2.0611	-0.0653	0.1999	0.0834	-0.4348	-0.0547	-0.4163	-0.0798	0.5559	0.0889	0.4265	0.0244	0.1488	0.5743	0.0005	0.2438	10.2016	-25.7016	-60.6885
2	2.1691	0.0473	-0.7398	1.3644	0.3305	1.0494	-0.0761	-0.2453	-0.6494	-0.1625	-0.2214	-0.3291	0.4709	0.497	0.2804	0.4083	0.221	0.094	0.5947	0.1508	0.3832	6.6621	-42.3905	-42.7341
3	2.6772	-0.6725	-0.8549	4.4878	-0.3536	2.706	-0.1051	-0.5722	0.2463	0.2101	0.3753	-0.6414	-0.0508	0.8084	-0.2702	0.2643	0.0844	0.0798	1.0748	0.0315	0.6186	24.4839	-28.6388	-43.9607
4	1.9145	0.1212	0.2314	0.8098	0.5989	0.5756	-0.15	-0.1084	-0.7618	-0.4453	-0.0386	-0.4927	0.5438	0.9613	0.1156	0.6	0.3276	0.3493	0.8209	0.0778	0.5373	16.7067	-42.5233	-59.2488
5	1.6856	0.3687	0.3553	1.1218	0.098	2.5479	-0.1219	0.1172	-0.0106	-0.4529	-0.1018	0.1092	-0.0614	-0.2192	0.226	0.3743	0.0604	0.0106	0.3385	-0.0652	0.1526	-10.842	-29.0559	-59.964
6	2.2729	-1.449	2.3076	3.2994	0.3384	6.9926	-0.1994	0.004	-0.3148	-0.4757	0.0765	0.7787	0.6167	-0.7806	-0.0928	0.3189	-0.0518	-0.1091	0.7477	-0.1936	0.405	-28.2354	-36.3076	-59.5086
7	2.4374	0.2754	0.681	0.7737	-0.3698	1.5819	-0.1964	0.3589	0.4213	-0.6786	-0.0809	0.1226	-0.295	-0.3744	0.265	0.6796	0.1242	-0.1217	0.5274	-0.089	0.1874	-15.7674	-21.8779	-70.4089
8	2.3136	1.3786	-0.7732	0.8037	-0.8483	4.8655	0.0542	-0.1049	0.0673	0.0531	0.0262	-0.1559	-0.3743	-0.0154	-0.1442	0.1001	0.0633	-0.0631	0.0009	0.0108	0.1629	2.1118	-20.8304	-1.0061
9	1.2995	-0.0313	0.1902	0.6053	0.3625	0.7002	-0.0289	0.1175	0.1106	-0.0626	0.0476	-0.1267	-0.0644	0.0469	-0.0093	0.1013	-0.0065	-0.0044	0.053	-0.0094	0.1403	-3.3886	-18.1222	-9.4656
10	1.9735	-0.1183	0.2272	2.0666	-0.2639	2.3544	-0.1279	0.3354	0.2097	-0.314	0.1017	-0.4737	-0.0288	0.2001	-0.0155	0.1309	-0.0648	0.034	0.1662	-0.0194	0.2818	12.9648	-13.708	-13.3785
11	1.5388	0.3837	-0.075	1.4147	-0.0032	0.5378	-0.0075	-0.1631	0.3134	0.119	0.0239	-0.1525	-0.1371	0.0524	-0.0231	0.1446	0.0005	-0.0385	0.0731	-0.0424	0.2134	0.7109	-8.9788	3.0638
12	2.2721	0.4186	-0.9417	2.5072	2.1316	2.4575	-0.1226	-0.029	0.1703	0.0924	-0.0743	0.1964	0.1123	-0.1779	0.058	0.0642	0.0728	-0.0143	0.086	0.0268	0.1145	-29.3542	-19.3896	-8.6016
13	1.6006	0.2268	0.123	0.6164	0.1727	0.8704	-0.0441	0.1315	0.0003	-0.1015	-0.0124	0.0262	-0.0178	-0.0793	0.0446	0.0886	-0.0011	-0.013	0.0847	0.0177	0.0729	-21.142	-24.5566	-12.0461
14	3.513	-0.5455	-0.0809	3.8424	1.4854	4.3765	-0.0576	0.6228	0.3802	-0.4244	0.0109	0.1885	-0.4713	-0.2389	-0.0185	0.1529	0.0346	-0.067	0.2603	0.0704	0.1681	-38.553	-18.6297	-19.4856
15	2.0927	0.0636	0.1219	1.5548	0.4526	0.9914	-0.0253	-0.0889	-0.1913	0.0414	-0.0159	0.1083	0.0574	-0.1967	0.0437	0.085	-0.0178	-0.0086	0.0935	0.0179	0.0913	-30.7095	-31.4978	-3.9361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 124 )	A	4 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 125 through 196 )	A	125 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 235 )	A	197 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 398 )	A	236 - 398
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 196 )	B	0 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 197 through 224 )	B	197 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 225 through 398 )	B	225 - 398
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 28 )	C	1 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 29 through 195 )	C	29 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 196 through 256 )	C	196 - 256
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 257 through 398 )	C	257 - 398
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 28 )	D	1 - 28
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 29 through 195 )	D	29 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 196 through 224 )	D	196 - 224
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 225 through 398 )	D	225 - 398

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)