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- PDB-6arp: Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6arp
タイトルStructure of a mutant Cetuximab Fab fragment
要素
  • Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Erbitux / antibody / EGFR
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Christie, M. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE160100608 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160104915 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment
著者: Christie, M. / Christ, D.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein
D: Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
A: Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein
B: Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,69815
ポリマ－94,6694
非ポリマー1,02911
水15,421856
1
C: Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein
D: Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,08310
ポリマ－47,3352
非ポリマー7498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
A: Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein
B: Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6155
ポリマ－47,3352
非ポリマー2803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.060, 83.070, 211.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12D
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUCA1 - 2131 - 213
21ASPASPGLUGLUAC1 - 2131 - 213
12GLNGLNSERSERDB1 - 2211 - 221
22GLNGLNSERSERBD1 - 2211 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 Cetuximab mutant light chain,Uncharacterized protein


分子量: 23504.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#2: 抗体 Cetuximab mutant Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain


分子量: 23829.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.42 Å / Num. obs: 124960 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5833 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YY8

1yy8


解像度: 1.7→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.974 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19707 6362 5.1 %RANDOM
Rwork0.17157 ---
obs0.17284 118489 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 62 856 7462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.026982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9539585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.937314416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8565.021941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32125.141284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.53151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2092.0853525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2092.0843524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9833.1174424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9833.1184425
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5162.2383457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5162.2383457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4233.2765123
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.04225.7477796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.04225.7477796
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C135160.09
12A135160.09
21D134480.07
22B134480.07
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 459 -
Rwork0.267 8639 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0853-0.00080.07260.11690.06620.58370.0029-0.0323-0.0396-0.03520.04820.0239-0.0880.0048-0.05120.0231-0.0132-0.00070.02980.02410.02636.062714.021335.4993
20.107-0.0708-0.23870.18310.21910.8705-0.0390.012-0.0188-0.0166-0.0160.05910.0908-0.07280.0550.0303-0.0005-0.00070.01850.01070.0375-3.6616-1.04430.3664
30.1543-0.0963-0.0440.08220.01480.5836-0.0046-0.02620.0215-0.02580.0298-0.00440.04770.0129-0.02520.0478-0.01710.00620.0168-0.00160.04726.520830.422933.7757
40.1773-0.09560.24940.1091-0.0340.6171-0.02420.01410.0028-0.03150.0227-0.03-0.09240.0860.00150.0613-0.02180.01320.0199-0.01080.053435.82345.372427.2809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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