PDB-6ar0: Structure of human SLMAP FHA domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ar0

タイトル

Structure of human SLMAP FHA domain

要素

Sarcolemmal membrane-associated protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Hippo / SLMAP / FHA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of voltage-gated sodium channel activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of sodium ion transmembrane transport / M band / negative regulation of hippo signaling / smooth endoplasmic reticulum / muscle contraction / protein localization to plasma membrane / mitochondrial membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Ni, L. / Luo, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: SAV1 promotes Hippo kinase activation through antagonizing the PP2A phosphatase STRIPAK.
著者: Bae, S.J. / Ni, L. / Osinski, A. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Luo, X.

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ar0.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ar0.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ar0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ao5C 6ar2C 4jonS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ghv-4 6ghv-3 4g96-3 5z5b-1 4j3k-d 1ob8-2 6ghv-1 4li4-d 6do6-d 3ost-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sarcolemmal membrane-associated protein

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.895, 51.217, 56.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sarcolemmal membrane-associated protein / Sarcolemmal-associated protein 分子量: 15789.931 Da / 分子数: 1 / 断片: FHA domain (UNP residues 1-140) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLMAP, KIAA1601, SLAP, UNQ1847/PRO3577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14BN4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris pH 6.5, 200 mM Li2SO4, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 53830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.6 % / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 43.9
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2647 / R_pim(I) all: 0.236 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JON

4jon

解像度: 1.08→20.487 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1786	2000	3.72 %
R_work	0.1639	-	-
obs	0.1644	53761	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→20.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1090	0	0	235	1325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	1505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.104	418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0803-1.1073	0.2771	139	0.2658	3571	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1073-1.1372	0.1957	140	0.2016	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1372-1.1707	0.1925	141	0.1801	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1707-1.2084	0.2119	142	0.1823	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2084-1.2516	0.1856	142	0.1786	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2516-1.3017	0.1779	142	0.1675	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3017-1.361	0.1607	142	0.1653	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.361-1.4327	0.1579	143	0.1595	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4327-1.5224	0.1732	142	0.1542	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5224-1.6399	0.1875	143	0.1499	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6399-1.8049	0.1663	144	0.1496	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-2.0659	0.1876	145	0.1458	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0659-2.6019	0.1497	146	0.1545	3783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6019-20.491	0.1879	149	0.1711	3848	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9917	2.0832	3.7273	3.0919	1.8976	6.0295	-0.1264	0.1005	0.1853	-0.1142	0.0636	0.212	-0.1116	-0.0892	0.0723	0.0874	0.0087	0.003	0.0762	0.0032	0.0841	-19.0975	4.2469	10.9192
2	4.0807	0.1552	0.3622	0.0267	-0.1239	2.6082	-0.0159	-0.3943	0.2819	0.0125	-0.0167	-0.0207	0.0771	-0.0632	0.038	0.1065	-0.0049	-0.0002	0.1255	-0.0381	0.0787	-7.9101	8.1183	18.6404
3	2.7601	0.004	0.1303	1.7188	0.6376	1.231	0.0452	0.1407	0.0809	-0.1924	-0.0547	0.0427	-0.152	-0.0279	0.0192	0.1091	0.0001	-0.0043	0.0651	0.0135	0.0631	-14.4205	5.5052	4.1525
4	2.3809	0.8333	-0.5461	1.9196	-0.2656	2.3633	0.0865	0.5066	0.384	-0.3651	0.1903	0.2687	-0.2432	-0.2474	-0.2687	0.1675	-0.0078	0.0129	0.1434	0.0547	0.1751	-8.9484	13.7924	3.1813
5	2.472	0.2132	0.1445	1.7599	0.3966	1.0131	-0.0247	0.0303	0.0642	-0.1756	0.0694	-0.1891	-0.0647	0.101	-0.0489	0.0974	-0.0043	0.0133	0.0691	0.0045	0.0549	-6.7793	3.4063	4.9844
6	2.2026	-0.0833	0.0242	1.8408	-0.036	1.8073	-0.0164	0.0406	-0.1215	-0.1391	0.0544	-0.0803	0.1016	0.0694	-0.0374	0.0846	0.0087	0.0098	0.051	-0.0099	0.0668	-7.9048	-6.2857	7.678
7	3.3174	1.7865	0.1761	1.1178	0.1048	-0.0025	0.0976	-0.1033	-0.1524	0.0259	-0.0564	0.0181	-0.0076	-0.0207	-0.0379	0.1117	0.0005	0.0072	0.121	-0.0236	0.1727	9.1374	6.9733	16.5022
8	6.1779	1.7291	2.2734	0.6333	0.7844	0.9713	0.0426	-0.1685	-0.0825	0.0358	0.001	0.0284	-0.0026	-0.0157	-0.056	0.08	0.0121	-0.0018	0.0882	-0.0052	0.0921	-14.9445	0.995	14.8649
9	4.0262	-1.6192	1.7082	3.2224	-1.1911	3.6064	0.0199	-0.3921	-0.5037	0.1115	0.1193	0.567	0.2482	-0.3724	-0.1042	0.121	-0.0127	0.0227	0.1446	0.0127	0.214	-24.6069	-5.5884	13.4013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 19 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 20 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 43 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 44 through 61 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 62 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 106 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 121 through 128 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 129 through 139 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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