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- PDB-4jon: Crystal structure of a centrosomal protein 170kDa, transcript var... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jon | ||||||
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Title | Crystal structure of a centrosomal protein 170kDa, transcript variant beta (CEP170) from Homo sapiens at 2.15 A resolution (PSI Community Target, Sundstrom) | ||||||
![]() | Centrosomal protein of 170 kDa | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / FHA domain / PF00498 / putative protein-protein recognition / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
Function / homology | ![]() centriolar subdistal appendage / centriole / mitotic spindle / microtubule / centrosome / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a centrosomal protein 170kDa, transcript variant beta (CEP170) from Homo sapiens at 2.15 A resolution (PSI Community Target, Sundstrom) Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 260.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 212.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14583.515 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 1-126 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG CONTAINING 6HIS-HA-FLAG- ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 59% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Bicine pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 23, 2013 Details: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: single crystal Si(111) bent / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97862 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→48.634 Å / Num. obs: 46447 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. GOL MODELED IS PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. NCS ...Details: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. GOL MODELED IS PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 3. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS)
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Displacement parameters | Biso max: 151.27 Å2 / Biso mean: 50.5313 Å2 / Biso min: 21.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.286 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→48.634 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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