PDB-6aps: Trypanosoma brucei hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aps

タイトル

Trypanosoma brucei hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [(2-((Guanine-9H-yl)methyl)propane-1,3 diyl)bis(oxy)]bis(methylene))diphosphonic acid

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Trypanosoma brucei / Purine salvage / acyclic nucleoside biphosphonate

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.762 Å

データ登録者

Teran, D. / Guddat, L.W.

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2018
タイトル: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery.
著者: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A.

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aps.cif.gz	172.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aps.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aps_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aps_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6aps_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	6aps_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6aps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6aps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aptC 6apuC 6apvC 6aqoC 6ar9C 5jsqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jv5-d 6uwl-d 6h18-d 4tvj-1 4m4s-d 2ise-2 3vrm-d 2ffk-d 6h6k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

49.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.013, 93.885, 44.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRTase 分子量: 24221.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: HGPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 380分子

#2: 化合物	ChemComp-SV2 / [{2-[(guanine-9-yl)methyl]propane-1,3-diyl}bis(oxymethylene)]bis(phosphonic acid) 分子量: 427.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉N₅O₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris PH範囲: 5-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→46.94 Å / Num. obs: 44556 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_pim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2210 / R_pim(I) all: 0.561 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JSQ

5jsq

解像度: 1.762→42.575 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	2000	4.49 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1595	44540	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.762→42.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2886	0	91	371	3348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	3116
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.561	4241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.787	2557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7615-1.8056	0.3954	117	0.3424	2715	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8056-1.8544	0.2648	160	0.2623	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8544-1.909	0.2629	142	0.2046	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-1.9706	0.2559	129	0.1767	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9706-2.041	0.1808	151	0.1667	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.1227	0.2201	148	0.1644	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1227-2.2193	0.2009	136	0.1535	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2193-2.3363	0.1673	152	0.1462	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3363-2.4827	0.1987	140	0.1464	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4827-2.6744	0.2022	146	0.1491	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6744-2.9434	0.1784	144	0.1566	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9434-3.3692	0.1733	148	0.1405	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3692-4.2442	0.1637	144	0.1295	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2442-42.5871	0.1668	143	0.1534	3076	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2147	1.5992	2.9108	6.5398	-1.9283	7.4082	0.1316	-0.4172	-0.2641	-0.0935	0.2393	1.2399	0.106	-0.6139	-0.3073	0.185	-0.0141	0.0364	0.1746	0.0739	0.3288	113.5347	-38.1712	62.7914
2	4.2257	0.8341	0.0795	2.187	-0.488	0.7848	0.1025	-0.2693	-0.0495	0.298	-0.0691	-0.2451	0.0085	0.0947	-0.0355	0.1576	0.0261	-0.0281	0.1107	-0.0328	0.0911	139.7577	-27.492	64.4428
3	4.1755	0.3455	1.354	2.9106	0.834	3.1532	-0.0311	0.0393	-0.0144	0.0591	0.093	-0.1486	-0.0498	0.04	-0.0604	0.1197	0.0152	0.0026	0.0979	0.0057	0.0503	133.7597	-24.4917	59.5594
4	6.3949	1.3064	0.9	3.305	1.2688	1.3627	-0.1485	0.361	0.6315	-0.3021	0.1492	-0.0711	-0.0517	0.149	0.017	0.1461	-0.0105	0.0278	0.1783	0.0136	0.1141	139.4865	-30.5681	52.0898
5	7.4148	6.3509	1.5357	8.328	1.1284	1.266	-0.3426	0.6889	-0.4715	-0.5305	0.4465	-0.8872	0.0601	0.4488	-0.154	0.2523	-0.0082	0.0938	0.2283	-0.0775	0.2138	142.3995	-35.9235	46.6701
6	2.5417	-0.8833	0.0007	2.1775	0.1115	0.5114	-0.0372	0.0827	-0.131	-0.0663	0.0736	0.0702	0.0813	0.0448	-0.0302	0.1506	-0.0052	0.0071	0.1236	-0.0088	0.0483	127.8501	-37.9398	56.0197
7	7.2124	2.0782	-2.6477	6.7861	-2.2939	2.0094	0.0867	0.4761	-1.2096	-0.6329	0.0903	0.1011	1.4413	-1.0226	-0.1505	0.4489	-0.0824	-0.1162	0.3626	-0.1307	0.6012	109.208	-41.2411	45.6742
8	2.5621	-1.8041	-3.122	6.1544	1.6821	3.9251	-0.4515	-0.8478	0.4649	0.6948	0.4899	-1.1218	0.1207	0.3084	-0.0383	0.2668	0.0541	-0.0985	0.2445	-0.0791	0.2539	133.8592	-7.5471	70.034
9	3.276	-0.0183	1.1389	2.416	0.7489	2.6947	0.0318	-0.1288	-0.0082	0.0523	-0.0674	0.4515	0.002	-0.3149	0.0239	0.1088	0.0062	0.0244	0.1186	0.0415	0.1498	112.0237	-17.9701	55.8915
10	5.2582	0.8642	-0.3254	3.1329	-0.4956	2.3439	-0.0881	0.0553	-0.0842	-0.1482	0.1104	0.1734	0.0388	-0.0053	-0.027	0.109	0.0148	0.0064	0.1065	0.0171	0.0578	119.2828	-21.4977	54.4684
11	4.8046	1.8747	5.3689	7.7342	1.2761	7.7371	0.5096	1.2955	-0.7681	-0.6535	-0.1043	-0.3586	0.6676	0.7245	-0.5135	0.318	0.0617	-0.0565	0.3422	0.0072	0.2016	113.295	-21.0434	38.6878
12	0.328	0.4734	0.1292	2.963	-0.1584	0.767	0.012	0.073	0.0555	-0.1122	-0.0004	-0.0165	-0.1767	0.0563	-0.0049	0.1496	-0.0087	0.0175	0.1782	0.0162	0.0675	120.8819	-10.391	49.7106
13	6.4013	5.6226	5.7007	7.1041	6.9262	6.8492	-0.4668	0.5806	0.2949	-0.7838	0.2158	0.356	-0.5124	-0.0994	0.2138	0.2573	-0.0337	-0.0318	0.2244	0.0576	0.0925	119.7457	-9.6354	39.5588
14	6.7454	2.669	4.9689	4.389	2.7655	5.6839	-0.0863	-0.032	0.2288	-0.1804	-0.0063	0.3541	-0.2526	-0.2643	0.1087	0.1124	0.0242	0.0031	0.1616	0.0248	0.0814	116.8107	-8.773	49.4075
15	2.6769	0.4082	1.5437	1.1908	0.1898	1.1061	-0.0091	0.0469	0.2021	-0.0525	0.0192	0.0833	-0.1196	0.0109	-0.0061	0.1646	0.0081	0.0368	0.1192	0.0212	0.0996	122.9395	-2.7542	54.494
16	3.83	-0.1177	-0.7738	1.6791	0.4196	4.3864	-0.0143	0.0118	0.6103	0.1724	0.0708	-0.4692	-0.3377	0.2795	-0.044	0.1463	-0.0152	-0.0299	0.1193	0.0037	0.2444	138.5675	-9.969	61.1398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 132 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 133 through 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 189 through 199 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 17 through 53 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 54 through 79 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 80 through 107 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 108 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 132 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 133 through 148 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 149 through 168 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 169 through 196 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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