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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6apq | ||||||
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タイトル | Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B | ||||||
![]() | Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, A.B. / Garza, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unveiling a Drift Resistant Cryptotope withinMarburgvirusNucleoprotein Recognized by Llama Single-Domain Antibodies. 著者: Garza, J.A. / Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13758.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama プラスミド: pecan73 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0M sodium chloride, 0.1M bicine pH 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→69.27 Å / Num. obs: 13942 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1987 / Rpim(I) all: 0.304 / Rsym value: 0.587 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6APO 解像度: 1.9→69.27 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→69.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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