[日本語] English
万見
- PDB-6apb: Crystal Structure of Non-Neutralizing Infant Antibody ADI-14359 i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apb
タイトルCrystal Structure of Non-Neutralizing Infant Antibody ADI-14359 in Complex with Postfusion RSV F Glycoprotein
要素
  • ADI-14359 Fab Light Chain
  • Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F0
  • IgG H chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / viral fusion glycoprotein / immunoglobulin / respiratory syncytial virus
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008704 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Infants Infected with Respiratory Syncytial Virus Generate Potent Neutralizing Antibodies that Lack Somatic Hypermutation.
著者: Goodwin, E. / Gilman, M.S.A. / Wrapp, D. / Chen, M. / Ngwuta, J.O. / Moin, S.M. / Bai, P. / Sivasubramanian, A. / Connor, R.I. / Wright, P.F. / Graham, B.S. / McLellan, J.S. / Walker, L.M.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F0
H: IgG H chain
L: ADI-14359 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,0448
ポリマ－218,3805
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38540 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area70420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.450, 99.040, 323.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0

-
要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F0


分子量: 56758.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: F, MZ07_64039gpF, MZ07_64040gpF / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q84850, UniProt: A0A1P8J9V4, UniProt: P03420*PLUS
#2: 抗体 IgG H chain


分子量: 24824.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ADI-14359 Fab Light Chain


分子量: 23278.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 4.45mg/mL ADI-14359 Fab-postF complex, 13% PEG8000, 0.43M Ammonium Citrate pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1809 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→51.11 Å / Num. obs: 57978 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.31 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.449 / Rpim(I) all: 0.177 / Rrim(I) all: 0.483 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 423092 / Scaling rejects: 1081
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.087.41.6623276944390.5640.651.7861.6100
13.08-51.116.30.09550988100.9940.040.10310.598.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Coot0.8.6.1モデル構築
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RRT, 3QHZ, 4KMT

3rrt

3qhz

4kmt


解像度: 3→51.108 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 2880 4.98 %
Rwork0.2217 54941 -
obs0.2233 57821 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.53 Å2 / Biso mean: 37.8749 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→51.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13264 0 42 0 13306
Biso mean--62.63 --
残基数----1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86318349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7194961
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6076X-RAY DIFFRACTION7.046TORSIONAL
12B6076X-RAY DIFFRACTION7.046TORSIONAL
13C6076X-RAY DIFFRACTION7.046TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.04920.41031420.35325822724
3.0492-3.10180.38071450.33625662711
3.1018-3.15820.33321300.319225712701
3.1582-3.21890.35231370.303725732710
3.2189-3.28460.34681390.29425882727
3.2846-3.3560.31711230.277225532676
3.356-3.4340.32941250.282126142739
3.434-3.51990.29381520.257525582710
3.5199-3.6150.31921480.246125822730
3.615-3.72140.31271320.26526012733
3.7214-3.84150.25891210.234326312752
3.8415-3.97870.28571300.241225882718
3.9787-4.1380.25541430.186226152758
4.138-4.32620.19551160.17326082724
4.3262-4.55410.18971500.161425932743
4.5541-4.83930.16721600.154426112771
4.8393-5.21260.21751650.160726222787
5.2126-5.73650.18621150.183626552770
5.7365-6.56510.21511280.191926852813
6.5651-8.26570.19891320.181127202852
8.2657-51.11570.16341470.165828252972
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8225-0.0404-0.24041.3097-0.57311.528-0.12430.41370.0623-0.2030.11020.1784-0.31550.26660.02820.11430.00830.01020.26170.0060.28736.85357.946-12.3762
20.3939-0.028-0.6480.21530.39962.26080.05770.1180.0488-0.05660.0309-0.0038-0.0033-0.1098-0.0940.26910.0493-0.00970.18650.00620.199215.94446.6319-30.7812
38.0479-2.2115-2.44214.0875-2.34356.77250.01270.1526-0.3699-0.1536-0.14530.15930.18590.02580.05740.326-0.0131-0.04410.18610.03750.22927.676214.228315.5445
41.3877-0.0948-1.15721.24040.20874.80560.0521-0.29790.01670.32810.0303-0.29670.16210.5952-0.05530.3403-0.0231-0.00680.25890.01170.280424.13980.002820.2571
53.22430.2249-1.25371.9092-1.43432.34090.0944-0.1469-0.0648-0.0882-0.07730.0812-1.28921.4322-0.10550.7201-0.04720.02530.2929-0.02210.288238.53326.1912-75.9181
61.45860.0316-0.64471.11030.39651.61250.10560.5243-0.0114-0.253-0.16270.0116-0.1669-0.17560.07860.19530.0213-0.0720.19920.1150.2125.0596-6.6212-12.4876
70.67130.0296-0.95470.1775-0.0111.9018-0.09070.1116-0.0624-0.06160.00890.014-0.0095-0.06490.05920.26210.0037-0.04090.23010.03580.184411.0788-4.7044-32.7229
84.0426-0.1092-0.29978.0845-1.48717.5721-0.1224-0.08120.3202-0.366-0.0327-0.7653-0.557-0.03070.11730.2942-0.0063-0.00240.2287-0.07650.2785-11.6441-0.98439.5039
91.269-0.2011-1.52870.86250.54343.17260.11630.06750.1760.14030.04910.1314-0.4067-0.2591-0.17710.35550.0935-0.02510.2685-0.01320.3174-8.019620.952210.104
102.12820.3685-2.51831.3786-0.4675.54150.13940.6837-0.0197-0.3298-0.40580.0934-0.7693-2.26840.25370.45630.0896-0.15490.5817-0.0140.30622.3835-0.2768-83.1031
111.04790.04210.14210.52560.10780.19430.07910.09410.1292-0.2241-0.1124-0.0778-0.12150.24320.02070.3210.02130.00150.13-0.03580.235517.9532-1.0816-8.5444
120.1484-0.0298-0.62110.2203-0.06992.03780.00490.1237-0.0127-0.11490.01480.0341-0.1477-0.2145-0.01650.2773-0.0483-0.03360.2705-0.0450.180722.9531-3.1603-28.9117
134.8830.8007-1.57923.62450.6643.96450.06780.16960.27780.3637-0.17680.1906-0.2574-0.18540.10270.22080.0227-0.00570.240.02090.18057.6635-11.488321.1517
141.52860.60580.12731.1468-0.51440.4978-0.12470.056-0.0321-0.0324-0.03610.20410.1621-0.25070.14530.1982-0.0163-0.03150.18980.00480.2454-10.1748-19.09723.8831
158.21890.1464-6.77621.8681-0.15137.0114-0.6944-0.1438-0.5771-0.0682-0.20190.05770.69110.55310.74780.5275-0.0546-0.03880.40360.0030.207236.3248-12.0306-78.378
161.0863-0.68190.41691.9947-1.00611.56490.0554-0.10510.13110.1669-0.0897-0.1846-0.15790.10770.0210.3724-0.0309-0.050.2204-0.00440.2038.1996-31.805550.1452
174.34341.0092-1.1573.50290.46736.118-0.0514-0.0215-0.14690.08490.342-0.64530.23390.3947-0.21930.46830.0555-0.08650.26880.02050.320220.6106-57.864857.8086
181.7366-0.66641.89463.8374-1.96072.70850.0132-0.1129-0.0773-0.3490.10160.03320.26760.0295-0.13740.452-0.03670.06870.3402-0.00050.16286.7107-40.456930.9483
192.1701-0.1982-1.20392.87910.05432.61610.0265-0.13130.0163-0.0737-0.0512-0.08260.0454-0.09850.01610.53270.03-0.10870.2520.02820.291911.3851-70.340652.2083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 27:97)A27 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 153:337)A153 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 338:380)A338 - 380
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 381:476)A381 - 476
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 477:515)A477 - 515
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 27:97)B27 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 153:337)B153 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 338:379)B338 - 379
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 380:475)B380 - 475
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 476:518)B476 - 518
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 27:96)C27 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 97:337)C97 - 337
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 338:394)C338 - 394
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 395:478)C395 - 478
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 479:514)C479 - 514
16X-RAY DIFFRACTION16(chain H and resid 1:125)H1 - 125
17X-RAY DIFFRACTION17(chain H and resid 126:214)H126 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 1:104)L1 - 104
19X-RAY DIFFRACTION19(chain L and resid 105:212)L105 - 212

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る