+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6amm | ||||||
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Title | CAT192 Fab Insertion Mutant H0/L1 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / TGF-Beta / protein engineering / antibody engineering | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Lord, D.M. / Wei, R.R. | ||||||
Citation | Journal: MAbs / Year: 2018 Title: Structure-based engineering to restore high affinity binding of an isoform-selective anti-TGF beta 1 antibody. Authors: Lord, D.M. / Bird, J.J. / Honey, D.M. / Best, A. / Park, A. / Wei, R.R. / Qiu, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6amm.cif.gz | 176.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6amm.ent.gz | 141 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6amm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6amm_validation.pdf.gz | 438 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6amm_full_validation.pdf.gz | 448 KB | Display | |
Data in XML | 6amm_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6amm_validation.cif.gz | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6amjSC 6anpC 6ao0C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23224.705 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 24592.289 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 8K, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5419 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jan 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5419 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→35.35 Å / Num. obs: 12663 / Biso Wilson estimate: 40.07 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1837 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AMJ Resolution: 2.8→35.35 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.51 Å2 / Biso mean: 60.7622 Å2 / Biso min: 8.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→35.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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