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- PDB-6al9: Crystal structure of chorismate mutase from Helicobacter pylori i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6al9
タイトルCrystal structure of chorismate mutase from Helicobacter pylori in complex with prephenate
要素Chorismate mutase
キーワードISOMERASE / Chorismic acid / Catalysis / Helicobacter pylori / Ligands / Chorismate mutase / Prephenate
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能
: / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
P-HYDROXYBENZOIC ACID / PREPHENIC ACID / PYRUVIC ACID / Chorismate mutase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fan, Y. / Jameson, G.B. / Panjikar, S. / Parker, E.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
MarsdenUOC1105 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of chorismate mutase from Helicobacter pylori in complex with prephenate
著者: Fan, Y. / Jameson, G.B. / Panjikar, S. / Parker, E.J.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate mutase
B: Chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1535
ポリマ－22,7002
非ポリマー4523
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.869, 63.526, 166.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 94 / Label seq-ID: 6 - 94

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.964193, -0.195856, 0.178807), (-0.195399, 0.068797, -0.978308), (0.179306, -0.978216, -0.104604)-38.96278, 16.03653, 25.24441

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要素

#1: タンパク質 Chorismate mutase


分子量: 11350.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25064
#2: 化合物 ChemComp-PRE / PREPHENIC ACID / プレフェン酸


分子量: 226.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O6
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 35% glycerol ethoxylate, 0.5 mM chorismate acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.73 Å / Num. obs: 10877 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.21→2.28 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / CC1/2: 0.911 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YBZ, 2D8D and 3RMI

1ybz

2d8d

3rmi


解像度: 2.3→19.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.681 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.228
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE DENSITY IN THE ACTIVE SITE IN CHAIN B IS UNEQUIVOCALLY INCONSISTENT WITH PREPHENATE (PRE) AND IS WELL FITTED BY PARAHYDROXYBENZOATE (PHB) ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE DENSITY IN THE ACTIVE SITE IN CHAIN B IS UNEQUIVOCALLY INCONSISTENT WITH PREPHENATE (PRE) AND IS WELL FITTED BY PARAHYDROXYBENZOATE (PHB) AND PYRUVATE (PYR). THE DENSITY IN THE ACTIVE SITE OF CHAIN A IS CONSISTENT WITH PREPHENATE (PHE)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23691 464 4.9 %RANDOM
Rwork0.20611 ---
obs0.2076 9097 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 32 13 1533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3012.032054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4133579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24624.86574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.03415321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.4011512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3290.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5222.711722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5232.707721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8944.045899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8924.05900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4123.138813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.413.141814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5694.5471156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.39431.7561699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.39231.7571700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5300 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 32 -
Rwork0.214 651 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0667-0.0456-0.24742.12050.81911.8758-0.01850.0099-0.0419-0.2565-0.0180.0296-0.1008-0.03880.03650.048-0.01810.02760.0631-0.03630.0585-19.8226-5.13317.2265
20.17720.2679-0.37262.81090.70251.47120.0417-0.0056-0.0148-0.0192-0.0328-0.0917-0.1293-0.025-0.00890.0207-0.02450.01330.0828-0.04870.0537-15.7812.00624.6542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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