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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5mfo | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Designed armadillo repeat protein YIIIM3AIII | ||||||
Components | YIIIM3AIII | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding | ||||||
| Function / homology | Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
| Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A. | ||||||
Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2018Title: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding. Authors: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5mfo.cif.gz | 722.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5mfo.ent.gz | 613.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5mfo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5mfo_validation.pdf.gz | 465.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5mfo_full_validation.pdf.gz | 471.5 KB | Display | |
| Data in XML | 5mfo_validation.xml.gz | 56 KB | Display | |
| Data in CIF | 5mfo_validation.cif.gz | 86.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfo | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5mfbC ![]() 5mfeC ![]() 5mffC ![]() 5mfgC ![]() 5mfhC ![]() 5mfiC ![]() 5mfjC ![]() 5mfkC ![]() 5mflC ![]() 5mfmC ![]() 5mfnC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 6 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21218.547 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.47 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M Ca-Acetate, 0.1 M Na-Acetate pH 5.5, 25 % PEG 2K MME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.3→48.287 Å / Num. obs: 278605 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 11.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.48 |
| Reflection shell | Resolution: 1.3→1.33 Å / Redundancy: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / CC1/2: 0.475 / % possible all: 98.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3→48.287 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.18
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→48.287 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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