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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ag8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Maltose O-acetyltransferase from E. coli | ||||||
要素 | Maltose O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / maltose O-acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maltose O-acetyltransferase / maltose O-acetyltransferase activity / O-acyltransferase activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Joo, S. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Metabolic engineering of Escherichia coli for production of non-natural acetins from glycerol 著者: Zada, B. / Joo, S. / Wang, C. / Kim, K.-J. / Kim, S.-W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ag8.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ag8.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ag8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ag8_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ag8_full_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ag8_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ag8_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6ag8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6ag8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ic7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21190.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: maa, ylaD, b0459, JW0448 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P77791, maltose O-acetyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% Poly Ethylene glycol 3350, 0.1M Tris (pH 8.0), 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 78711 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 34.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.36 Å / Num. unique obs: 3791 / Rpim(I) all: 0.187 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IC7 解像度: 1.34→26.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.882 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.828 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.34→26.91 Å
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拘束条件 |
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