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万見
- PDB-1oe7: 28kDa glutathione S-transferase from Schistosoma haematobium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oe7
タイトル28kDa glutathione S-transferase from Schistosoma haematobium
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / SCHISTOSOMIASIS / DETOXIFYING ENZYME / PROSTAGLANDIN D2 SYNTHASE / VACCINE CANDIDATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase class-mu 28 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種SCHISTOSOMA HAEMATOBIUM (ビルハルツ住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Johnson, K.A. / Angelucci, F. / Tsernoglou, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the 28 kDa Glutathione S-Transferase from Schistosoma Haematobium
著者: Johnson, K.A. / Angelucci, F. / Bellelli, A. / Herve, M. / Fontaine, J. / Tsernoglou, D. / Capron, A. / Trottein, F. / Brunori, M.
#1: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2001
タイトル: Role of the Parasite-Derived Prostaglandin D2 in the Inhibition of Epidermal Langerhans Cell Migration During Schistosomiasis Infections
著者: Angeli, V. / Faveeuw, C. / Roye, O. / Fontaine, J. / Teissier, E. / Capron, A. / Wolowczuk, L. / Capron, M. / Trottein, F.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of a Protective Cloned 28 kDa Glutathione S-Transferase from Schistosoma Mansoni
著者: Trottein, F. / Vaney, M.C. / Bachet, B. / Pierce, R.J. / Colloc'H, N. / Lecocq, J.P. / Capron, A. / Momon, J.P.
履歴
登録2003年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4884
ポリマ－47,8732
非ポリマー6152
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.427, 78.111, 53.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0737, -0.0003, 0.9973), (-0.0011, -1, -0.0004), (0.9973, -0.0011, 0.0737)
ベクター: -0.013, -20.023, 0.024)

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 23936.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHISTOSOMA HAEMATOBIUM (ビルハルツ住血吸虫)
プラスミド: PET-24D(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30114*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE MAPPED AGAINST ITSELF PENDING SEQUENCE SUBMISSION TO SWISSPROT DATABASE FOR SCHISTOSOMA ...SEQUENCE MAPPED AGAINST ITSELF PENDING SEQUENCE SUBMISSION TO SWISSPROT DATABASE FOR SCHISTOSOMA HAEMATOBIUM SPECIES FOR THIS ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN (~60MG/ML) WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS USING A WELL SOLUTION OF 2.1M AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS, PH7.2, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 8.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.1 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMTris1reservoirpH7.2
35 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
466 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0032
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→25 Å / Num. obs: 39246 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 72
反射
*PLUS
冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GTB

1gtb


解像度: 1.8→20 Å / SU B: 3.62 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1958 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-39158 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 40 225 3519
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 39246 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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