+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oe7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 28kDa glutathione S-transferase from Schistosoma haematobium | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASEグルタチオン-S-トランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SCHISTOSOMIASIS (住血吸虫症) / DETOXIFYING ENZYME / PROSTAGLANDIN D2 SYNTHASE / VACCINE CANDIDATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SCHISTOSOMA HAEMATOBIUM (ビルハルツ住血吸虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, K.A. / Angelucci, F. / Tsernoglou, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of the 28 kDa Glutathione S-Transferase from Schistosoma Haematobium 著者: Johnson, K.A. / Angelucci, F. / Bellelli, A. / Herve, M. / Fontaine, J. / Tsernoglou, D. / Capron, A. / Trottein, F. / Brunori, M. #1: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2001 タイトル: Role of the Parasite-Derived Prostaglandin D2 in the Inhibition of Epidermal Langerhans Cell Migration During Schistosomiasis Infections 著者: Angeli, V. / Faveeuw, C. / Roye, O. / Fontaine, J. / Teissier, E. / Capron, A. / Wolowczuk, L. / Capron, M. / Trottein, F. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of a Protective Cloned 28 kDa Glutathione S-Transferase from Schistosoma Mansoni 著者: Trottein, F. / Vaney, M.C. / Bachet, B. / Pierce, R.J. / Colloc'H, N. / Lecocq, J.P. / Capron, A. / Momon, J.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oe7.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1oe7.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oe7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oe7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.0737, -0.0003, 0.9973), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23936.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SCHISTOSOMA HAEMATOBIUM (ビルハルツ住血吸虫) プラスミド: PET-24D(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P30114*PLUS, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE MAPPED AGAINST ITSELF PENDING SEQUENCE SUBMISSION TO SWISSPROT DATABASE FOR SCHISTOSOMA ...SEQUENCE MAPPED AGAINST ITSELF PENDING SEQUENCE SUBMISSION | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PROTEIN (~60MG/ML) WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS USING A WELL SOLUTION OF 2.1M AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS, PH7.2, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0032 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0032 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→25 Å / Num. obs: 39246 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 72 |
反射 | *PLUS 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GTB 解像度: 1.8→20 Å / SU B: 3.62 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.17
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 39246 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|