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万見
- PDB-6adv: Crystal Structure Analysis of the duplex containing the S2T(2',4'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6adv
タイトルCrystal Structure Analysis of the duplex containing the S2T(2',4'-BNA/LNA)G mismatch pairs
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(9V9)P*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / LNA / 2' / 4'-BNA / mismatched base pairs
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Aoyama, H.A. / Habuchi, T.H. / Yamaguchi, T.Y. / Obika, S.O.
引用ジャーナル: J. Org. Chem. / 年: 2019
タイトル: Hybridization and Mismatch Discrimination Abilities of 2',4'-Bridged Nucleic Acids Bearing 2-Thiothymine or 2-Selenothymine Nucleobase.
著者: Habuchi, T. / Yamaguchi, T. / Aoyama, H. / Horiba, M. / Ito, K.R. / Obika, S.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(9V9)P*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(9V9)P*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4452
ポリマ－7,4452
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.490, 41.130, 65.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DC / Beg label comp-ID: DC / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 12 / Label seq-ID: 1 - 12

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.782722, 0.619355, -0.061197), (0.618399, -0.785049, -0.035786), (-0.070207, -0.009834, -0.997484)-1.66759, 2.27009, -18.022881

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(9V9)P*GP*CP*G)-3'


分子量: 3722.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % / Mosaicity: 0.9 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→32.71 Å / Num. obs: 5231 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 34495 / Scaling rejects: 146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.96-2.016.60.8083510.8260.3310.87599.7
8.98-32.714.90.055370.9970.0260.06148.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.96 Å17.41 Å
Translation1.96 Å17.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1d27

1d27


解像度: 1.96→32.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 15.831 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.2261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.2
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2968 491 9.5 %RANDOM
Rwork0.2531 ---
obs0.2576 4680 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.42 Å2 / Biso mean: 50.518 Å2 / Biso min: 31.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å2-0 Å20 Å2
2--4.01 Å2-0 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→32.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 492 0 15 507
Biso mean---50.82 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.012552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5151.319854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9113644
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.019286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.019116
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 382 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.80.5
MEDIUM THERMAL4.262
LS精密化 シェル解像度: 1.959→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 36 -
Rwork0.335 332 -
all-368 -
obs--97.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.484-0.2271.43510.2633-1.31896.98570.17180.06650.01930.07020.00830.0556-0.16330.1458-0.18010.22320.01530.02980.07640.02160.0902-2.55751.1748-8.8141
20.46390.27191.30781.097-1.05857.73250.07650.08280.05460.14140.08650.1328-0.1630.1768-0.1630.10480.03430.04580.0644-0.01010.0663-2.02350.2284-9.0886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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