PDB-6aa2: X-ray structure of ReQy1 (oxidized form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aa2

タイトル

X-ray structure of ReQy1 (oxidized form)

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / redox status / fluorescent indicator protein / YFP

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sugiura, K. / Yasuda, A. / Tabushi, N. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Hisabori, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Multicolor redox sensor proteins can visualize redox changes in various compartments of the living cell.
著者: Sugiura, K. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Wakabayashi, K.I. / Hisabori, T.

履歴

登録	2018年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aa2.cif.gz	159.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aa2.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aa2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aa2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aa6C 1mywS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ssy-d 6vio-4 3w1c-d 2q57-d 1emb-d 6ofn-1 2ye1-d 6sm0-d 6fww-d 3gj1-1 1z1q-d 1qyf-d 7a86-2 1q4e-d 5t3i-d 7a86-1 1qxt-d 7a8i-3 7a80-3 2duh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

C: Green fluorescent protein

85.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green fluorescent protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Green fluorescent protein

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Green fluorescent protein

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.571, 120.520, 115.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	C
1	5	B
2	5	C
1	6	B
2	6	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	5 - 64
2	1	B	5 - 64
1	2	A	5 - 64
2	2	C	5 - 64
1	3	A	68 - 229
2	3	B	68 - 229
1	4	A	68 - 229
2	4	C	68 - 229
1	5	B	5 - 64
2	5	C	5 - 64
1	6	B	68 - 240
2	6	C	68 - 240

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28392.043 Da / 分子数: 3 変異: K26R, F46L, T65G, S72A, R80Q, S99F, Y145G, N146W, S147CA, V150I, T167I, T203Y, Q204C, H231L 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE ...RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CR2 65.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM Tris-HCl(pH 7.5), 150mM NaCl, 250mM Trilithium Citrate, 14%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 43945 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.457 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MYW

1myw

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 6.386 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22859	2104	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18374	-	-	-
obs	0.18582	41814	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.555 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0.17 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5520	0	0	390	5910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	5657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	1.965	7642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	11956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.298	5	683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.124	24.982	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.486	15	957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.801	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.712	4.005	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.709	4.004	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.297	5.999	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.296	5.999	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.072	4.506	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.071	4.506	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.855	6.529	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.73	45.952	5919
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.703	45.775	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3106	0.06
1	2	B	3106	0.06
2	1	A	3138	0.05
2	2	C	3138	0.05
3	1	A	9748	0.09
3	2	B	9748	0.09
4	1	A	9768	0.08
4	2	C	9768	0.08
5	1	B	3114	0.05
5	2	C	3114	0.05
6	1	B	10466	0.07
6	2	C	10466	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	148	-
R_work	0.286	2980	-
obs	-	-	95.95 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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