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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a8w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the FHA domain of Far9 | ||||||
要素 | Vacuolar protein sorting-associated protein 64液胞 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / FHA domain / phosphopeptide recognition / homolog of SLMAP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 re-entry into mitotic cell cycle after pheromone arrest / protein targeting to vacuole / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / MTOR / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.844 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Zhang, W.Q. / Zhou, Z.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Topological Structure and Dynamic Assembly of the STRIPAK Complex 著者: Chen, M. / Zhou, Z.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a8w.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a8w.ent.gz | 27.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15677.396 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 160-295 / 変異: L167M, T269M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VPS64, FAR9, YDR200C, YD9346.10C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q03944 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.43 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0; 0.1M MES pH 6.0; 25%(w/v) polyethylene glycol 4,000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 11148 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 19.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 550 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.844→29.707 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.844→29.707 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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