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- PDB-6a4k: Human antibody 32D6 Fab in complex with H1N1 influenza A virus HA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a4k
タイトルHuman antibody 32D6 Fab in complex with H1N1 influenza A virus HA1
要素
  • (immunoglobulin Fab ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody Fab / influenza hemagglutinin / complex structure / specific binding / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Wang, A.H.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: An Effective Neutralizing Antibody Against Influenza Virus H1N1 from Human B Cells.
著者: Lee, C.C. / Yang, C.Y. / Lin, L.L. / Ko, T.P. / Chang, A.H. / Chang, S.S. / Wang, A.H.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
H: immunoglobulin Fab heavy chain
L: immunoglobulin Fab light chain
B: Hemagglutinin
I: immunoglobulin Fab heavy chain
M: immunoglobulin Fab light chain
C: Hemagglutinin
J: immunoglobulin Fab heavy chain
N: immunoglobulin Fab light chain
D: Hemagglutinin
K: immunoglobulin Fab heavy chain
O: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,09323
ポリマ－299,89012
非ポリマー1,20311
水3,513195
1
A: Hemagglutinin
H: immunoglobulin Fab heavy chain
L: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2345
ポリマ－74,9723
非ポリマー2612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemagglutinin
I: immunoglobulin Fab heavy chain
M: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2936
ポリマ－74,9723
非ポリマー3203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hemagglutinin
J: immunoglobulin Fab heavy chain
N: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2345
ポリマ－74,9723
非ポリマー2612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hemagglutinin
K: immunoglobulin Fab heavy chain
O: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3337
ポリマ－74,9723
非ポリマー3604
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.743, 181.743, 248.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-301-

CA

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要素

-
抗体 , 2種, 8分子 HIJKLMNO

#2: 抗体
immunoglobulin Fab heavy chain


分子量: 25556.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
immunoglobulin Fab light chain


分子量: 23007.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 26408.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/7/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C3W5X2*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 202分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE EUROPEAN NUCLEOTIDE ARCHIVE ACCESSION NUMBER IS ACP41953.1 FOR THE HA CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14%(w/v) PEG 8000, 160mM Calcium acetate, 20%(v/v) glycerol, 80mM Sodium Cacodylate, Hydrochloric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月12日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 79824 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7965 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBN, 3N9G

3gbn

3n9g


解像度: 3.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 17.413 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23287 3824 5 %RANDOM
Rwork0.17511 ---
obs0.17792 72829 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.08 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20354 0 69 195 20618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01920982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9528580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.972343550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03652661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96524.074810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.646153285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0431580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.23171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02123323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9088.60310682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9058.60310679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.07912.88513329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.07812.88613330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4728.38110300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4728.38110301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.54712.5715252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.42293.93922284
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.42493.95522278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 238 -
Rwork0.275 3626 -
obs--66.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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