PDB-6a0z: Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a0z

タイトル

Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to H5N1 influenza hemagglutinin, HA head region

要素

Antibody 13D4, Fab Heavy Chain
Antibody 13D4, Fab Light Chain
Hemagglutinin,Envelope glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Immune complex / Antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.329 Å

データ登録者

Li, S. / Li, T.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Broad, Antibody-Mediated Neutralization of H5N1 Influenza Virus.
著者: Lin, Q. / Li, T. / Chen, Y. / Lau, S.Y. / Wei, M. / Zhang, Y. / Zhang, Z. / Yao, Q. / Li, J. / Li, Z. / Wang, D. / Zheng, Q. / Yu, H. / Gu, Y. / Zhang, J. / Chen, H. / Li, S. / Xia, N.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a0z.cif.gz	304 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a0z.ent.gz	239.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6a0xSC 2ibxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5umn-2 4gg6-2 2iam-d 6v19-d 5d7i-1 2ckz-d 6d78-d 4pjf-1 4uao-d 4ozi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
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類似性 (5)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin,Envelope glycoprotein

H: Antibody 13D4, Fab Heavy Chain

L: Antibody 13D4, Fab Light Chain

ヘテロ分子

111 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.245, 72.665, 76.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin,Envelope glycoprotein

分子量: 62911.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Hemagglutinin (UNP RESIDUES 17-520, LINKER, Envelope glycoprotein (UNP RESIDUES 1-28), and HIS tags.
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス), (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q45ZR9, UniProt: M1E1E4, UniProt: Q6DQ34*PLUS

#2: 抗体

Antibody 13D4, Fab Heavy Chain

分子量: 23888.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 抗体

Antibody 13D4, Fab Light Chain

分子量: 23630.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.42 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5, 0.2 M NaAc and 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.329→50 Å / Num. obs: 33998 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_pim(I) all: 0.052 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.33→2.37 Å / Num. unique obs: 1670 / R_pim(I) all: 0.294 / R_sym value: 0.483

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	V706e	データ削減
HKL-2000	V706e	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.10.1_2155	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IBX, 6A0X

2ibx

6a0x

解像度: 2.329→34.67 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	1591	4.68 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1736	33980	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.329→34.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5477	0	28	299	5804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.586	7702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.96	3346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.329-2.4042	0.2974	144	0.2141	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4042-2.4901	0.2612	132	0.2057	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4901-2.5897	0.26	151	0.2056	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5897-2.7076	0.2717	154	0.1984	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7076-2.8502	0.2812	143	0.2014	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8502-3.0287	0.2593	115	0.1972	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0287-3.2624	0.2675	152	0.1875	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2624-3.5904	0.2004	154	0.1669	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5904-4.1092	0.2024	148	0.1522	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1092-5.1744	0.164	139	0.1328	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1744-34.6739	0.1849	159	0.1681	2989	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1369	0.2565	0.2999	0.5877	0.447	0.6884	-0.0852	0.1552	0.3808	-0.0156	-0.4248	-0.3634	-0.2916	0.2326	-0.5792	0.5232	0.0278	0.1956	0.5448	0.3144	0.6851	56.037	-3.1634	-15.5358
2	0.2471	0.0856	0.3931	0.0329	0.1191	0.6685	0.0156	-0.0829	0.3996	-0.0111	0.2977	-0.28	0.2923	-0.0536	0.1162	0.3627	0.0814	0.1541	0.3688	-0.0024	0.5363	41.7229	-5.9087	-6.8929
3	0.4154	0.4005	0.3611	0.5393	0.315	0.5992	0.2458	0.1301	0.468	-0.0829	-0.1025	-0.45	-0.1899	0.0551	0.0913	0.3591	0.0839	0.1608	0.3647	0.1472	0.5032	47.1557	-7.8325	-8.3071
4	0.1861	0.1394	-0.1926	0.8841	0.121	0.0324	0.2966	0.3314	-0.0074	-0.5182	-0.1324	-0.3144	-0.0341	-0.0325	0.0939	0.519	0.1361	0.0467	0.4903	0.0686	0.338	39.9187	-15.6731	-12.2157
5	0.0663	-0.0325	-0.0302	0.0544	-0.0687	0.2473	0.2554	-0.1691	0.3719	-0.2645	-0.4108	0.0027	-0.1053	-0.0345	-0	0.3386	0.0217	-0.0376	0.3031	-0.0219	0.3872	28.2797	-5.2421	1.7476
6	0.8794	-0.2694	-0.1152	0.495	-0.0793	0.2776	0.1373	0.0429	-0.014	-0.0751	-0.144	0.0414	0.0765	0.01	-0.0064	0.3012	0.0305	-0.0371	0.2079	-0.031	0.21	32.38	-18.41	-3.755
7	0.1274	0.4021	-0.0018	0.9082	-0.0098	0.0207	0.1235	0.2371	0.25	-0.5988	-0.1961	-0.25	-0.1204	0.1369	-0.0662	0.5386	0.1046	0.2832	0.5425	0.125	0.5638	59.377	-0.33	-21.364
8	-0.0153	0.0086	-0.0209	0.0311	0.042	0.0095	-0.0356	-0.0914	-0.0486	-0.3446	0.109	0.3823	0.0936	0.1762	0.0021	0.3017	0.3546	0.4253	1.6282	0.3345	1.068	68.234	-11.2379	-19.1291
9	0.8956	-0.1284	0.0241	0.4985	0.1908	0.6417	0.0496	-0.06	0.0624	-0.0344	-0.0593	0.1712	-0.0578	-0.0685	-0	0.2078	-0.0077	-0.0051	0.2079	-0.0013	0.2342	11.8317	-3.9093	22.1391
10	-0.0319	0.1653	0.282	0.2987	0.5791	0.4129	-0.0088	-0.0777	-0.0785	-0.1199	-0.0917	0.1541	-0.1061	-0.0042	0.0024	0.27	-0.0015	0.0382	0.3009	-0.0071	0.2903	13.3477	1.4971	30.0442
11	0.0409	0.069	-0.0959	0.0013	-0.0513	0.1307	0.0888	-0.0114	-0.0884	-0.0166	-0.2457	0.1053	-0.246	-0.2759	0.0036	0.3056	0.0416	-0.0359	0.3623	-0.0358	0.3109	9.5922	20.5011	57.6174
12	0.0592	-0.038	-0.0116	0.0228	0.0051	0.1022	0.1083	0.5271	0.1317	0.0826	-0.0648	0.1748	-0.1483	0.0117	-0.0014	0.2871	0.0197	0.0329	0.4162	-0.0282	0.3031	6.8055	15.3409	41.5188
13	0.367	-0.2869	-0.1699	0.2497	0.2523	0.6299	0.1124	0.1254	0.0093	-0.0686	-0.1572	-0.2431	-0.1178	-0.093	-0.0009	0.2711	0.0441	-0.001	0.3472	-0.0202	0.3739	7.4917	18.745	48.278
14	0.1972	-0.1407	0.2648	0.2271	-0.2054	0.2323	0.0055	-0.1018	-0.2204	0.2348	0.1294	-0.309	0.2355	0.0941	-0	0.3257	0.0278	-0.0231	0.3034	-0.0077	0.2894	32.5191	-9.4008	37.3219
15	0.1208	-0.0481	0.135	0.0644	-0.0911	0.1682	-0.0331	0.1417	0.6001	0.0867	0.0096	-0.1572	-0.0516	-0.2459	-0.0005	0.3088	0.0394	-0.001	0.2386	-0.0297	0.2903	27.1574	0.8544	31.5551
16	0.2451	0.0988	0.351	0.1243	0.3242	0.5448	-0.0025	0.0767	0.0616	-0.1081	0.0529	-0.0983	-0.051	0.2632	-0.0027	0.2149	0.0031	-0.0128	0.2026	-0.0256	0.2533	35.6017	-1.7115	32.0715
17	0.0404	-0.0707	-0.0588	0.3776	-0.066	0.6916	-0.0301	-0.0833	-0.0033	0.0893	0.0991	0.0173	0.1049	0.0094	-0	0.1702	-0.0008	-0.0168	0.2384	-0.0216	0.2309	17.8755	4.3314	47.0833
18	1.2309	-0.5285	0.6682	0.4392	-0.1532	0.8722	-0.0838	-0.3076	-0.3445	0.1128	0.0134	0.0755	-0.0021	-0.0259	-0.0003	0.2264	-0.0034	0.0245	0.2595	0.0143	0.2625	11.9581	8.3664	62.1442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 99 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 273 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 274 through 280 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 281 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 2 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 96 through 124 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 125 through 145 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 146 through 157 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 158 through 214 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 1 through 32 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 33 through 48 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 49 through 90 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 91 through 128 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 129 through 212 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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