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- PDB-6a0z: Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a0z | |||||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to H5N1 influenza hemagglutinin, HA head region | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Immune complex / Antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, S. / Li, T. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Broad, Antibody-Mediated Neutralization of H5N1 Influenza Virus. Authors: Lin, Q. / Li, T. / Chen, Y. / Lau, S.Y. / Wei, M. / Zhang, Y. / Zhang, Z. / Yao, Q. / Li, J. / Li, Z. / Wang, D. / Zheng, Q. / Yu, H. / Gu, Y. / Zhang, J. / Chen, H. / Li, S. / Xia, N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6a0xSC ![]() 2ibxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 62911.617 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The fusion protein of Hemagglutinin (UNP RESIDUES 17-520, LINKER, Envelope glycoprotein (UNP RESIDUES 1-28), and HIS tags. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Gene: HA / Production host: ![]() References: UniProt: Q45ZR9, UniProt: M1E1E4, UniProt: Q6DQ34*PLUS | ||
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#2: Antibody | Mass: 23888.648 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||
#3: Antibody | Mass: 23630.027 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||
#4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.42 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5, 0.2 M NaAc and 18% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 277.15 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.329→50 Å / Num. obs: 33998 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 19.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.37 Å / Num. unique obs: 1670 / Rpim(I) all: 0.294 / Rsym value: 0.483 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2IBX, 6A0X Resolution: 2.329→34.67 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.329→34.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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