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- PDB-5zxl: Structure of GldA from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zxl
タイトルStructure of GldA from E.coli
要素Glycerol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Glycerol / Catalytic
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-aminopropanol dehydrogenase / (R)-aminopropanol dehydrogenase activity / anaerobic glycerol catabolic process / methylglyoxal catabolic process / glycerol dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol dehydrogenase / protein homotetramerization / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle ...Glycerol dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Zhang, J. / Lin, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of glycerol dehydrogenase (GldA) from Escherichia coli.
著者: Zhang, J. / Nanjaraj Urs, A.N. / Lin, L. / Zhou, Y. / Hu, Y. / Hua, G. / Gao, Q. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
C: Glycerol dehydrogenase
D: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,93227
ポリマ－154,9844
非ポリマー1,94823
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area51750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)162.446, 162.446, 293.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...
21(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...
31(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...
41(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA1 - 291 - 29
12GLUGLUARGARG(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA30 - 3130 - 31
13METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA1 - 3671 - 367
14METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA1 - 3671 - 367
15METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA1 - 3671 - 367
16METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 29 or (resid 30...AA1 - 3671 - 367
21METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB1 - 291 - 29
22GLUGLUARGARG(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB30 - 3130 - 31
23METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB1 - 3671 - 367
24METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB1 - 3671 - 367
25METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB1 - 3671 - 367
26METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 29 or (resid 30...BB1 - 3671 - 367
31METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...CC1 - 451 - 45
32SERSERSERSER(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...CC4646
33METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...CC1 - 3671 - 367
34METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...CC1 - 3671 - 367
35METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 45 or (resid 46...CC1 - 3671 - 367
41METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...DD1 - 301 - 30
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...DD3131
43METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...DD1 - 3671 - 367
44METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...DD1 - 3671 - 367
45METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 30 or (resid 31...DD1 - 3671 - 367

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glycerol dehydrogenase / GLDH


分子量: 38746.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: gldA, b3945, JW5556 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9S5, glycerol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.02M Tris-HCl(pH7.4), 0.05mM sodium chloride, 0.15mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→40.611 Å / Num. obs: 97055 / % possible obs: 60 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 63.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.83
反射 シェル解像度: 2.794→2.894 Å / Rmerge(I) obs: 0.722 / Num. unique obs: 9400

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCA

4mca


解像度: 2.794→40.611 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 2000 2.06 %
Rwork0.1734 --
obs0.1741 97055 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.61 Å2 / Biso mean: 62.0152 Å2 / Biso min: 26.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.794→40.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10743 0 199 138 11080
Biso mean--112.17 55.58 -
残基数----1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97815017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6376555
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6453X-RAY DIFFRACTION13.823TORSIONAL
12B6453X-RAY DIFFRACTION13.823TORSIONAL
13C6453X-RAY DIFFRACTION13.823TORSIONAL
14D6453X-RAY DIFFRACTION13.823TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7936-2.86350.29411380.25616530666897
2.8635-2.94090.29151410.246467016842100
2.9409-3.02740.32091410.24667476888100
3.0274-3.12510.30251420.236567356877100
3.1251-3.23670.26041420.224267426884100
3.2367-3.36630.25641420.219967436885100
3.3663-3.51940.2181410.188967636904100
3.5194-3.70480.20551440.174268106954100
3.7048-3.93680.19621420.161967606902100
3.9368-4.24040.18181440.14268236967100
4.2404-4.66660.15091430.129368316974100
4.6666-5.34060.17181450.146468697014100
5.3406-6.72360.19331460.17926924707099
6.7236-40.61580.18431490.15667077722697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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