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万見
- PDB-5zsp: NifS from Hydrogenimonas thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zsp
タイトルNifS from Hydrogenimonas thermophila
要素Cysteine desulfurase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenimonas thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H04472 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2018年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase
B: Cysteine desulfurase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5782
ポリマ－92,5782
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area29360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.940, 134.940, 98.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 330 or resid 335 through 384))
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASP(chain A and (resid -1 through 330 or resid 335 through 384))AA-1 - 3302 - 333
12PROPROSERSER(chain A and (resid -1 through 330 or resid 335 through 384))AA335 - 384338 - 387
21ALAALASERSERchain BBB-1 - 3842 - 387

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase / NifS


分子量: 46289.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenimonas thermophila (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216234_11013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A0A1I5NEH3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator,A
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→45.486 Å / Num. obs: 32592 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.221 % / Biso Wilson estimate: 56.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 26.59 / Num. measured all: 659039 / Scaling rejects: 1186
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.57-2.6719.3070.9514.1967477350234950.9450.97799.8
2.67-2.7720.8180.7665.462350300529950.9650.78599.7
2.77-2.8721.6440.5736.8957228264926440.9820.58799.8
2.87-321.4660.3929.5162831293129270.9920.40199.9
3-3.520.6830.20116.57155849754875350.9980.20699.8
3.5-417.9920.09432.0476410425942470.9990.09799.7
4-620.670.05454.52126582612961240.9990.05699.9
6-1018.8590.03470.35385852046204610.035100
10-45.48620.2540.02687.74117275855790.9990.02699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EG5

1eg5


解像度: 2.57→45.486 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 1629 5 %
Rwork0.2143 30927 -
obs0.2155 32556 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.91 Å2 / Biso mean: 80.7119 Å2 / Biso min: 33.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→45.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5985 0 0 43 6028
Biso mean---64.44 -
残基数----770
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3460X-RAY DIFFRACTION10.973TORSIONAL
12B3460X-RAY DIFFRACTION10.973TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.57-2.64560.38381350.3425652700100
2.6456-2.7310.34221350.31952547268299
2.731-2.82860.34791350.304625702705100
2.8286-2.94180.32521350.306525642699100
2.9418-3.07570.35481350.301825562691100
3.0757-3.23780.27061350.282825582693100
3.2378-3.44060.29021340.24952573270799
3.4406-3.70620.2711360.239725832719100
3.7062-4.07890.22761360.197825812717100
4.0789-4.66860.16471360.165825812717100
4.6686-5.880.22411370.170426072744100
5.88-45.4930.17281400.165826422782100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14821.85531.5371.86820.72112.7605-0.00680.3921-0.2795-0.04610.00020.04990.46620.28780.01720.5670.18660.00270.5219-0.05940.342959.098217.1462-12.4656
21.75180.03331.06622.4982-0.64933.20030.11150.0537-0.3810.2920.01-0.47970.70750.8242-0.15750.75490.2938-0.04590.7955-0.03550.458678.550511.17933.4524
31.59340.79730.08871.74251.3182.86630.02670.1509-0.2655-0.11670.1603-0.42220.29520.8084-0.13970.45230.1925-0.01060.6905-0.03380.373372.776924.4322-3.2659
47.0559-2.85831.83964.80450.09486.4127-0.3722-0.52650.35510.74170.2448-0.73690.1551.20440.03120.539-0.00370.00230.6885-0.03240.414774.443834.632112.0479
56.6586-0.2765-2.60642.57256.2677.372-0.0421-0.50560.49010.01870.2365-0.3648-1.32610.6838-0.36490.5794-0.1268-0.01490.40430.00060.419469.727447.028210.5324
62.04342.05951.16284.15752.37262.36980.07580.07880.13520.4368-0.40590.84790.5571-0.10690.34810.63980.1290.04430.4931-0.13970.61847.712218.5696-2.736
72.96520.86430.4092.6925-0.81721.76880.3627-0.3542-0.71660.8413-0.34230.14841.1211-0.2476-0.0211.31-0.07610.07030.5199-0.0550.673149.8517-2.93548.8894
85.67473.63541.44493.16651.82813.37040.11070.2074-0.01530.4475-0.48771.01020.7098-0.79790.53920.8741-0.0520.11290.7177-0.25680.812734.3518-1.6365-9.1581
94.72570.5226-0.72276.67191.05355.20960.03720.1705-1.0876-0.395-0.17420.3151.3493-0.03250.25580.87080.1233-0.05310.7068-0.24420.842740.4152-9.8938-19.0212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 57 )A-1 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 219 )A58 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 220 through 301 )A220 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 302 through 360 )A302 - 360
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 361 through 386 )A361 - 386
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -1 through 57 )B-1 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 58 through 241 )B58 - 241
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 242 through 305 )B242 - 305
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 306 through 384 )B306 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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