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- PDB-5zso: SufS from Bacillus subtilis, soaked with L-cysteine for 90 sec -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zso
タイトルSufS from Bacillus subtilis, soaked with L-cysteine for 90 sec
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6P / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H04472 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2018年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0773
ポリマ－46,6191
非ポリマー4582
水1,22568
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1546
ポリマ－93,2372
非ポリマー9174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area7630 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 91.800, 127.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46618.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-C6P / N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-L-CYSTEINE / 4-((1-CARBOXY-2-THIOL-ETHYLAMINO)-METHYL)-3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDINIUM


分子量: 352.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 50% (v/v) PEG 200, 5mM L-cysteine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.9 Å / Num. obs: 17487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.107 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.86.4820.8162.0333630.7620.887100
2.8-36.4850.5653.0155050.8380.615100
3-46.1060.2128.2138740.980.232100
4-65.7670.08717.7371020.9940.095100
6-105.8370.05422.6923500.9980.06100
10-45.95.6480.04227.926450.9980.04699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8Q

5j8q


解像度: 2.7→45.9 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 875 5 %
Rwork0.2009 --
obs0.2034 17485 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.73 Å2 / Biso mean: 49.6693 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 29 68 3250
Biso mean--55.14 44.19 -
残基数----405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7002-2.86940.32931420.265726982840
2.8694-3.09090.2881440.240527342878
3.0909-3.40180.2471440.230227352879
3.4018-3.89390.26871450.193727532898
3.8939-4.9050.23821460.169227812927
4.905-45.90660.221540.193129093063
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.83070.92740.71035.0769-1.21333.90250.33480.0896-0.49610.11720.0320.60370.4252-0.5222-0.29460.3825-0.0694-0.01820.25470.02850.337525.8705-16.6855-14.8682
22.4864-0.59430.2722.2926-0.11352.00270.175-0.15970.21740.0396-0.1467-0.3654-0.19280.0418-0.040.3871-0.036-0.03610.23740.05640.290342.94674.3589-11.8043
31.68010.3098-0.76822.95440.4561.61090.1602-0.4947-0.38190.586-0.1435-0.84990.39110.63690.02350.46450.0146-0.17590.47780.12910.583459.0437-16.1784-5.5863
43.0539-0.30020.30684.142-0.72014.89460.2416-0.4929-0.15810.2955-0.1594-0.03060.4316-0.0356-0.02210.3377-0.0563-0.04260.33160.08760.312145.5138-8.2179-3.7543
50.28360.2153-0.53822.0229-0.04381.1841-0.0361-0.1350.13740.2849-0.0019-0.5466-0.3730.38540.0250.3422-0.0691-0.13270.40510.03440.469753.53837.5326-13.531
64.8293-0.12380.35163.9234-0.84971.09320.339-0.27460.37770.6311-0.2173-0.253-0.403-0.0138-0.18840.4367-0.0632-0.03430.2521-0.01860.211441.37444.1261-10.377
72.0595-0.5735-0.35033.6445-1.77591.3329-0.1773-0.2297-0.24620.5007-0.0186-0.06060.62310.01520.180.6131-0.0619-0.02920.46080.11190.370136.5375-27.5806-3.862
84.0227-0.2014-0.32573.6190.08211.2445-0.1680.1539-0.6209-0.43830.16680.14130.4684-0.1084-0.04920.6078-0.0464-0.01320.3490.11260.432337.9896-30.0083-17.3368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 34 )A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 112 )A35 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 198 )A113 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 199 through 224 )A199 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 225 through 263 )A225 - 263
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 264 through 295 )A264 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 296 through 330 )A296 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 331 through 405 )A331 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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