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- PDB-5zsk: SufS from Bacillus subtilis soaked with L-cysteine for 63 sec -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zsk
タイトルSufS from Bacillus subtilis soaked with L-cysteine for 63 sec
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PDA / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H04472 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2018年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9392
ポリマ－46,6191
非ポリマー3201
水19811
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8784
ポリマ－93,2372
非ポリマー6402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area7020 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 91.800, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46618.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-PDA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 50% (v/v) PEG 200, 5mM L-cysteine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→45.9 Å / Num. obs: 10298 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.818 % / Biso Wilson estimate: 72.42 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 10.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.24-3.345.8450.8982.1917140.740.986100
3.34-3.65.8010.6423.0934580.8460.70699.9
3.6-45.7610.3266.0537940.950.359100
4-65.8570.1511271220.9890.166100
6-105.8360.06423.1123690.9980.071100
10-45.95.6750.03340.396500.9990.03698.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8Q

5j8q


解像度: 3.24→45.9 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 515 5 %
Rwork0.206 --
obs0.2081 10295 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.63 Å2 / Biso mean: 61.3762 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.24→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 0 21 11 3228
Biso mean--56.41 28.92 -
残基数----410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.2402-3.56620.32111260.254524042530
3.5662-4.0820.26251270.21724002527
4.082-5.14170.20781270.180224262553
5.1417-45.90460.23381350.202125502685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.72541.072-0.55512.88580.14892.45230.0624-0.30860.4536-0.0109-0.07310.3267-0.2897-0.244-0.03240.40570.0784-0.03650.40590.01390.2711-37.008652.0376-37.1417
21.02430.4831-0.19092.23040.04121.7541-0.0712-0.0461-0.29810.20430.067-0.09270.30820.17780.00910.3586-0.0012-0.00220.48570.06710.4822-25.790527.3418-28.3042
32.0784-0.66830.29472.0753-0.83112.9651-0.0648-0.1667-0.24390.2764-0.0824-0.22760.20810.11980.15820.41150.0462-0.0070.40260.0730.421-23.68636.2544-28.8187
42.16650.7943-0.24551.28470.18481.58390.1148-0.3389-0.2350.1756-0.1635-0.0928-0.0729-0.03650.03060.33990.0008-0.00090.37580.09110.3114-32.46138.9805-29.8002
51.7667-0.76240.06872.38380.34290.6178-0.10190.244-0.0731-0.0160.00360.29130.29950.01490.08790.482-0.05980.08930.58830.01530.4529-48.830629.9477-38.6319
64.21681.14431.9783.36720.68212.24780.27050.13260.31890.2145-0.51541.15140.5862-0.30750.14910.4401-0.00340.09110.82960.09890.6922-63.827832.9695-40.5991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 57 )A1 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 198 )A58 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 253 )A199 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 254 through 330 )A254 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 331 through 384 )A331 - 384
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 385 through 410 )A385 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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