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- PDB-5zrq: Crystal structure of PET-degrading cutinase Cut190 S176A/S226P/R2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zrq
タイトルCrystal structure of PET-degrading cutinase Cut190 S176A/S226P/R228S mutant in Zn(2+)-bound state
要素Alpha/beta hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / POLYESTERASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE FOLD / PROTEIN ENGINEERING / THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


cutinase / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Numoto, N. / Kamiya, N. / Bekker, G.J. / Yamagami, Y. / Inaba, S. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Kawai, F. / Ito, N. / Oda, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101001 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle.
著者: Numoto, N. / Kamiya, N. / Bekker, G.J. / Yamagami, Y. / Inaba, S. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Kawai, F. / Ito, N. / Oda, M.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,94911
ポリマ－29,2101
非ポリマー73910
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area10700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.196, 63.243, 78.675
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase family protein / Cutinase


分子量: 29209.658 Da / 分子数: 1 / 変異: S176A, S226P, R228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
遺伝子: Cut190, SAMN02982918_2340 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TJ64

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非ポリマー , 5種, 451分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.01 M ZnSO4, 0.1 M MES pH 6.5, 25% v/v PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月7日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 93489 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 7.55585109261 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.12→1.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 11758 / CC1/2: 0.908 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WFJ

4wfj


解像度: 1.12→42.3167097133 Å / SU ML: 0.0662202612915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35011784998 / 位相誤差: 11.1297418062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.141836601104 4688 5.01454732158 %Random selection
Rwork0.120723929286 ---
obs0.121787925587 93488 95.3239390664 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.1557748294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→42.3167097133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 29 441 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007038717777442154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.279501658282939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0846484310707313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00836946675578389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0570903882805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1151-1.12780.2211226516571000.1634945917991926X-RAY DIFFRACTION63.0563336446
1.1278-1.14110.1710466556541140.1511616226182183X-RAY DIFFRACTION70.590043024
1.1411-1.1550.1516823599141290.1453557065382308X-RAY DIFFRACTION75.9663341646
1.155-1.16960.1912414771161340.1347583239322494X-RAY DIFFRACTION80.9362488451
1.1696-1.1850.1391901460361390.1299386142212643X-RAY DIFFRACTION86.531881804
1.185-1.20120.1364948396031540.1266800864242782X-RAY DIFFRACTION90.5055487053
1.2012-1.21840.1569015011321550.1299670296472896X-RAY DIFFRACTION94.751552795
1.2184-1.23660.1539575848721550.126827160063001X-RAY DIFFRACTION97.6485148515
1.2366-1.25590.1605789497791620.1159907469383067X-RAY DIFFRACTION99.6604938272
1.2559-1.27650.1302585038351610.1143299336763086X-RAY DIFFRACTION99.9384425977
1.2765-1.29850.136344258141610.1070855338423071X-RAY DIFFRACTION100
1.2985-1.32210.1459178340791670.1081942990853086X-RAY DIFFRACTION100
1.3221-1.34760.1321124361651610.1056324678613088X-RAY DIFFRACTION99.9692307692
1.3476-1.37510.1422404775051600.1057082478473096X-RAY DIFFRACTION100
1.3751-1.4050.136487261691620.1011214686813079X-RAY DIFFRACTION100
1.405-1.43770.1337750161471660.1013455353783097X-RAY DIFFRACTION99.9387442573
1.4377-1.47360.1191753318021630.09715480633823068X-RAY DIFFRACTION100
1.4736-1.51350.1146027141781600.09459362124863105X-RAY DIFFRACTION99.9693815064
1.5135-1.5580.1072460583731600.09543804731423083X-RAY DIFFRACTION99.9691738594
1.558-1.60830.1193448297131670.09840815824643087X-RAY DIFFRACTION100
1.6083-1.66580.1339068883531620.09851893386093125X-RAY DIFFRACTION99.9391912435
1.6658-1.73250.1378476918671590.1047835372953115X-RAY DIFFRACTION99.9694656489
1.7325-1.81130.1272091757071710.1089519709173088X-RAY DIFFRACTION99.9080318823
1.8113-1.90680.1210546464961610.1126886875123131X-RAY DIFFRACTION99.9696325539
1.9068-2.02630.1137707339231660.114268481373125X-RAY DIFFRACTION100
2.0263-2.18270.1347267034991650.1189968222923149X-RAY DIFFRACTION99.9698340875
2.1827-2.40240.1433666475191680.1267894685463133X-RAY DIFFRACTION99.969715324
2.4024-2.74990.1506549791931620.1375116602263175X-RAY DIFFRACTION99.9401018269
2.7499-3.46440.1770728599821710.1396706474473195X-RAY DIFFRACTION99.9406175772
3.4644-42.34720.1500190481111730.1379039776673318X-RAY DIFFRACTION99.1198182851

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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