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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rg0 | ||||||
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Title | Structure of pdxj | ||||||
![]() | Pyridoxine 5'-phosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Serine phosphatase SerB / serine aminotransferase SerC / histidinol phosphatase HisB / histidinol phosphatase aminotransferase HisC | ||||||
Function / homology | ![]() pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rohweder, B. / Rajendran, C. / Sterner, R. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Library Selection with a Randomized Repertoire of ( beta alpha )8-Barrel Enzymes Results in Unexpected Induction of Gene Expression. Authors: Rohweder, B. / Lehmann, G. / Eichner, N. / Polen, T. / Rajendran, C. / Ruperti, F. / Linde, M. / Treiber, T. / Jung, O. / Dettmer, K. / Meister, G. / Bott, M. / Gronwald, W. / Sterner, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 366.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 302.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29226.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A794, pyridoxine 5'-phosphate synthase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.0744→48.44 Å / Num. all: 373532 / Num. obs: 27529 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1137 / Rpim(I) all: 0.03076 / Rrim(I) all: 0.1137 / Net I/σ(I): 23.01 |
Reflection shell | Resolution: 3.074→3.184 Å / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.086 / Num. unique obs: 2544 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.2978 / Rrim(I) all: 1.127 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1HO1, 1M5W Resolution: 3.074→48.438 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.074→48.438 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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