PDB-6k7z: Crystal structure of a GH18 chitinase from Pseudoalteromonas aurantia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k7z

タイトル

Crystal structure of a GH18 chitinase from Pseudoalteromonas aurantia

要素

GH18 chiitnase

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / GH18 / Carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas aurantia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Wang, Y.J. / Li, P.Y. / Cao, H.Y. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural Insight Into Chitin Degradation and Thermostability of a Novel Endochitinase From the Glycoside Hydrolase Family 18.
著者: Wang, Y.J. / Jiang, W.X. / Zhang, Y.S. / Cao, H.Y. / Zhang, Y. / Chen, X.L. / Li, C.Y. / Wang, P. / Zhang, Y.Z. / Song, X.Y. / Li, P.Y.

履歴

登録	2019年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k7z.cif.gz	237.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k7z.ent.gz	189.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k7z_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k7z_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	6k7z_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	6k7z_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/6k7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/6k7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gsjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dc1-1 6dc1-8 6c7h-d 6c7v-d 3iio-3 2a0n-d 6dc1-5 4ovx-d 6dc1-2 6rg0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH18 chiitnase

B: GH18 chiitnase

C: GH18 chiitnase

D: GH18 chiitnase

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH18 chiitnase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GH18 chiitnase

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GH18 chiitnase

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: GH18 chiitnase

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.618, 87.486, 88.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	GH18 chiitnase 分子量: 31559.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas aurantia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A650AJ72*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.05 M KH2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 96262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.799→1.863 Å / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique obs: 9086

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GSJ

2gsj

解像度: 1.799→33.019 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 46.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	4511	4.72 %
R_work	0.2121	-	-
obs	0.2133	95543	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→33.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8448	0	0	991	9439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8704
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	11872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.558	5168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1560

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7992-1.8196	0.3079	127	0.2605	2535	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8196-1.841	0.3222	145	0.2622	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.841-1.8635	0.2963	135	0.2526	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8635-1.887	0.2649	137	0.2573	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.9119	0.2334	102	0.2492	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9119-1.9381	0.2616	135	0.2498	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9381-1.9657	0.2491	159	0.2354	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9657-1.9951	0.2448	152	0.2369	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9951-2.0262	0.2455	148	0.2316	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0262-2.0595	0.2179	154	0.2387	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0595-2.095	0.2497	159	0.228	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.095-2.1331	0.2186	144	0.2237	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1331-2.1741	0.267	149	0.2258	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1741-2.2184	0.2252	156	0.2225	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2184-2.2667	0.2495	145	0.2227	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2667-2.3194	0.2206	155	0.2189	3027	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3194-2.3774	0.2053	141	0.2247	3068	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3774-2.4416	0.2889	148	0.2208	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4416-2.5135	0.2662	163	0.2181	3022	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5135-2.5946	0.2692	170	0.2021	3031	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5946-2.6872	0.2483	152	0.2058	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6872-2.7948	0.2398	169	0.2051	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7948-2.9219	0.2318	188	0.2145	3028	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9219-3.0759	0.184	178	0.2059	3034	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0759-3.2684	0.2302	167	0.2057	3049	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2684-3.5205	0.2174	159	0.2046	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5205-3.8743	0.2308	137	0.2024	3078	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8743-4.4338	0.2318	142	0.1782	3083	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4338-5.5817	0.2236	167	0.1783	3077	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5817-33.0243	0.2351	128	0.1936	2911	X-RAY DIFFRACTION	91

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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