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万見
- PDB-5znp: Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5znp
タイトルCrystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide
要素
  • 15-mer peptide from Histone H3.2
  • SHORT LIFE family protein
キーワードGENE REGULATION / BAH / PHD / SHL / plant / H3K4me3 / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleus ...chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / SH3 type barrels. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD-type domain-containing protein / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lv, X. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0503200 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Dual recognition of H3K4me3 and H3K27me3 by a plant histone reader SHL.
著者: Qian, S. / Lv, X. / Scheid, R.N. / Lu, L. / Yang, Z. / Chen, W. / Liu, R. / Boersma, M.D. / Denu, J.M. / Zhong, X. / Du, J.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHORT LIFE family protein
B: SHORT LIFE family protein
P: 15-mer peptide from Histone H3.2
Q: 15-mer peptide from Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2578
ポリマ－52,9964
非ポリマー2624
水39622
1
A: SHORT LIFE family protein
P: 15-mer peptide from Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6294
ポリマ－26,4982
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
2
B: SHORT LIFE family protein
Q: 15-mer peptide from Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6294
ポリマ－26,4982
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.340, 91.909, 114.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SHORT LIFE family protein


分子量: 24890.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
遺伝子: POPTR_0004s16700g, POPTR_004G159900v3 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: B9H0V2
#2: タンパク質・ペプチド 15-mer peptide from Histone H3.2 / H3(1-15)K4me3 peptide / Histone H3.1


分子量: 1607.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59226
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12194 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1151 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F6N, 1W4S

2f6n

1w4s


解像度: 2.8→45.955 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2932 574 4.78 %
Rwork0.2495 --
obs0.2515 12004 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 4 22 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0664316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2951218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.08170.39491450.32772786X-RAY DIFFRACTION99
3.0817-3.52750.33871390.27912816X-RAY DIFFRACTION100
3.5275-4.44370.27131410.22922868X-RAY DIFFRACTION100
4.4437-45.96070.26341490.23292960X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2081-3.3010.87137.7727-0.60092.93940.1450.0575-0.312-0.1403-0.2805-0.2515-0.096-0.19510.10110.3304-0.05060.02330.3988-0.06690.4675.7631-18.17511.2826
27.2338-2.3785-0.55825.048-0.78211.47790.32270.3208-0.7677-0.2258-0.32570.6622-0.0272-0.1495-0.06710.33940.0468-0.02230.4842-0.06610.5836-9.2621-17.925713.4856
39.0102-5.4779-2.69965.18480.99182.49970.25710.24060.2016-0.07-0.24010.191-0.3068-0.3426-0.00560.3578-0.0246-0.09020.4549-0.05420.3572-12.832-9.659416.8643
43.504-0.82081.33796.8343-2.25436.80550.17871.04671.6537-0.8886-1.44670.8117-2.04090.0112-0.00860.59260.1128-0.06590.7624-0.12170.9236-23.71493.146615.0104
58.5248-1.5556-0.92096.979-5.51825.31121.0045-1.28761.3252-0.9479-0.421.552-1.0488-0.8942-0.33870.60060.28620.0241.1562-0.13821.65-31.2315.449617.8713
64.8227-0.92230.43558.50750.85225.0388-1.3737-1.77151.17180.22880.0259-1.0984-1.7578-0.9607-0.28680.92690.3227-0.11221.3021-0.04211.2451-32.586812.365813.4943
75.94475.43240.20775.08161.30797.6690.3447-0.5421-1.61910.0325-0.1887-1.7575-0.7572-0.1818-0.17470.50190.0645-0.05740.62730.0510.92359.4437.761347.0922
88.25151.9667-1.06365.74890.15870.1860.2891-0.9192-0.73910.5388-0.6406-0.7209-0.68460.09150.09260.507-0.1008-0.03450.4529-0.0280.5287-2.34419.699747.513
99.11012.02890.5713.61512.10741.28380.0486-0.27840.15950.1341-0.3240.14780.2456-0.23180.28430.3884-0.0617-0.010.49020.00860.4819-10.70314.235541.8314
105.74491.66711.14874.34574.02793.93490.62990.8251-0.8760.2955-0.6520.31161.01750.3119-0.01090.38850.03460.08480.4768-0.12030.8337-13.2093-4.072639.8259
112.90672.23663.44984.36820.00993.46120.2299-0.33520.307-0.20560.0570.32810.8794-1.0835-0.16710.4837-0.08780.15660.781-0.1490.7965-27.7489-7.903234.0419
126.0183-3.46210.50684.2949-2.15395.79320.7659-1.5967-0.81870.823-1.51320.14232.2913-1.2453-0.63111.5352-0.7538-0.13951.20420.20880.7838-34.9224-22.585338.7846
134.79220.9231-1.54196.5891-1.12596.9010.47781.74230.36630.03570.82570.5441-0.35850.3738-1.12611.14360.0229-0.06531.09980.05940.7622-15.51824.05879.8043
142.5848-2.0451-0.59834.2542-3.53086.325-0.1592-1.04680.34870.3033-1.0149-0.05332.1314-0.08351.46060.7727-0.18580.13860.81340.15350.8987-20.8138-16.655442.6341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 147 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 157 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 169 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 170 through 187 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 27 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 28 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 110 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 111 through 127 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 128 through 169 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 170 through 187 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'P' and (resid 3 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Q' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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