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- PDB-5nbt: Apo structure of p60N/p80C katanin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbt
タイトルApo structure of p60N/p80C katanin
要素
  • Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
  • Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
キーワードHYDROLASE / Katanin / severing enzyme / MICROTUBULE / cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase regulator activity / katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / mitotic chromosome movement towards spindle pole / microtubule severing / positive regulation of microtubule depolymerization / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule bundle formation / Cul3-RING ubiquitin ligase complex ...ATPase regulator activity / katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / mitotic chromosome movement towards spindle pole / microtubule severing / positive regulation of microtubule depolymerization / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule bundle formation / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / mitotic spindle pole / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule organization / lipid droplet / isomerase activity / positive regulation of neuron projection development / spindle / neuron migration / spindle pole / intracellular protein localization / growth cone / midbody / microtubule binding / microtubule / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / axon / cell division / neuronal cell body / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / con80 domain of Katanin / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal ...Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / con80 domain of Katanin / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jiang, K. / Rezabkova, L. / Hua, S. / Liu, Q. / Capitani, G. / Altelaar, A.F.M. / Heck, A.J.R. / Kammerer, R.A. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A.
引用ジャーナル: Nat. Cell Biol. / 年: 2017
タイトル: Microtubule minus-end regulation at spindle poles by an ASPM-katanin complex.
著者: Jiang, K. / Rezabkova, L. / Hua, S. / Liu, Q. / Capitani, G. / Maarten Altelaar, A.F. / Heck, A.J.R. / Kammerer, R.A. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
C: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
D: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7404
ポリマ－65,7404
非ポリマー00
水1,33374
1
A: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8702
ポリマ－32,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
2
C: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
D: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8702
ポリマ－32,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.140, 37.760, 103.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit B1 / p80 katanin


分子量: 23351.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katnb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BG40
#2: タンパク質 Katanin p60 ATPase-containing subunit A1 / Katanin p60 subunit A1 / Lipotransin / p60 katanin


分子量: 9518.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katna1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV86, EC: 3.6.4.3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 27% PEG 3350, 0.1 M BisTris propane (6.0), 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.262 Å / Num. obs: 22520 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.6 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 4734 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.262 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 1126 5.01 %
Rwork0.2445 --
obs0.2469 22494 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 0 74 3532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5824709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8522147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.50930.38971390.3252643X-RAY DIFFRACTION99
2.5093-2.64160.36531380.29862609X-RAY DIFFRACTION100
2.6416-2.8070.34311390.29172640X-RAY DIFFRACTION100
2.807-3.02370.35081390.27752651X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.32790.31791410.26472657X-RAY DIFFRACTION100
3.3279-3.80920.24741400.21922677X-RAY DIFFRACTION100
3.8092-4.79820.241420.20342698X-RAY DIFFRACTION100
4.7982-43.26890.311480.2472793X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 68.5247 Å / Origin y: 16.3926 Å / Origin z: 25.4615 Å
111213212223313233
T0.3813 Å2-0.0022 Å2-0.0049 Å2-0.251 Å20.0417 Å2--0.3225 Å2
L0.9433 °2-0.049 °20.0982 °2-0.6171 °20.3845 °2--1.8788 °2
S-0.0096 Å °0.0179 Å °0.0415 Å °-0.0123 Å °0.1079 Å °-0.0056 Å °0.0225 Å °0.0876 Å °-0.1181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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