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- PDB-5zk1: Crystal Structure of the CRTC2(SeMet)-CREB-CRE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zk1
タイトルCrystal Structure of the CRTC2(SeMet)-CREB-CRE complex
要素
  • CREB-regulated transcription coactivator 2
  • Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / co-activator / CREB / CRE / CRTC / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis to arachidonate / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / response to dehydroepiandrosterone / lung saccule development / response to hypobaric hypoxia / cAMP response element binding / : / positive regulation of cardiac muscle tissue development ...chemotaxis to arachidonate / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / response to dehydroepiandrosterone / lung saccule development / response to hypobaric hypoxia / cAMP response element binding / : / positive regulation of cardiac muscle tissue development / secretory granule organization / regulation of glial cell proliferation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / cAMP response element binding protein binding / PKA-mediated phosphorylation of CREB / CREB phosphorylation / AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of fibroblast proliferation / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / pituitary gland development / regulation of testosterone biosynthetic process / positive regulation of membrane depolarization / response to purine-containing compound / : / hormone secretion / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / NGF-stimulated transcription / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to fatty acid / arrestin family protein binding / MECP2 regulates transcription factors / response to L-glutamate / response to glucagon / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of cell size / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / response to morphine / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / histone acetyltransferase binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / type I pneumocyte differentiation / cellular response to zinc ion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Regulation of MECP2 expression and activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of lipid biosynthetic process / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to retinoic acid / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / lactation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / axonogenesis / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / Hsp70 protein binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / osteoclast differentiation / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / gluconeogenesis / response to nicotine / response to cocaine / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / cellular response to nerve growth factor stimulus / circadian rhythm / visual learning / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / memory / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein homotetramerization / response to ethanol / protein phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein stabilization / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Transducer of regulated CREB activity, N-terminal / Transducer of regulated CREB activity, middle domain / Transducer of regulated CREB activity, C-terminal / CREB-regulated transcription coactivator / Transducer of regulated CREB activity, N terminus / Transducer of regulated CREB activity middle domain ...cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Transducer of regulated CREB activity, N-terminal / Transducer of regulated CREB activity, middle domain / Transducer of regulated CREB activity, C-terminal / CREB-regulated transcription coactivator / Transducer of regulated CREB activity, N terminus / Transducer of regulated CREB activity middle domain / Transducer of regulated CREB activity, C terminus / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1 / CREB-regulated transcription coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Xiang, S. / Zhai, L. / Valencia-Swain, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570743 中国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the CRTC2-CREB Complex Assembly on CRE.
著者: Song, Y. / Zhai, L. / Valencia Swain, J. / Chen, Y. / Wang, P. / Chen, L. / Liu, Y. / Xiang, S.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
A: Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
C: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3014
ポリマ－18,2363
非ポリマー651
水00
1
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
A: Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
C: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
A: Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
C: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6028
ポリマ－36,4716
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11240 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.271, 242.878, 40.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1000-

ZN

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6134.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1 / CREB / cAMP-responsive element-binding protein 1


分子量: 7133.333 Da / 分子数: 1 / Fragment: bZIP domain / Mutation: C300S, C377S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P16220
#3: タンパク質・ペプチド CREB-regulated transcription coactivator 2 / Transducer of regulated cAMP response element-binding protein 2 / Transducer of CREB protein 2


分子量: 4967.357 Da / 分子数: 1 / Fragment: binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crtc2, Torc2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q3U182
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% w/v polyethylene glycol 3,350, 0.1 M hepes (pH 7.5), 0.2 M lithium sulfate, 0.3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 5064 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 2.619 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.05-3.151.5132290.6350.6571.660.49389.1
3.1-3.165.11.0312460.70.4431.1280.69591.4
3.16-3.224.90.3472300.9610.1590.3832.66795
3.22-3.295.40.1562300.9960.0710.1721.61293.1
3.29-3.365.70.3952400.9390.1720.4332.35593.4
3.36-3.436.60.2392470.9790.0990.261.07493.2
3.43-3.526.60.572380.8790.2320.6181.85898.8
3.52-3.627.20.4392620.9120.170.4721.11696.7
3.62-3.727.20.4742360.9320.1950.5161.47792.9
3.72-3.847.40.3942490.9630.1550.4251.68698.8
3.84-3.9870.3172460.920.1260.3431.90696.9
3.98-4.146.90.2372550.980.0950.2571.85397
4.14-4.336.60.2362540.960.0990.2572.21399.6
4.33-4.568.40.1772720.9840.0630.1882.427100
4.56-4.848.60.1512470.9920.0550.1622.811100
4.84-5.218.50.1062720.9960.0380.1132.725100
5.21-5.748.40.1382720.9980.0510.1483.01100
5.74-6.577.90.1312670.9920.050.143.31100
6.57-8.276.70.072710.9980.030.0774.76195.8
8.27-506.10.0643010.9980.0290.079.82999.3

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.01 Å49.23 Å
Translation3.01 Å49.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DH3

1dh3


解像度: 3.05→34.932 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.75
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 464 9.4 %
Rwork0.2284 --
obs0.232 4828 92.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 220.95 Å2 / Biso mean: 110.5848 Å2 / Biso min: 47.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→34.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数762 407 1 0 1170
Biso mean--135.88 --
残基数----112
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0501-3.2410.45391200.40581117123781
3.241-3.49110.42851310.31791181131286
3.4911-3.8420.30481210.26621322144394
3.842-4.3970.2521510.2221319147097
4.397-5.53620.2451530.220313731526100
5.5362-34.93440.21711230.18311390151398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5310.24830.90470.8401-0.18743.4866-0.1644-0.1797-0.0333-0.18630.16370.097-0.3636-0.43410.17211.3140.1599-1.00530.8638-0.11011.57850.187748.481110.4315
22.98792.9809-0.46833.79630.31322.2269-0.57580.19410.5855-0.35850.2739-0.25330.340.19540.1420.6815-0.057-0.34810.46160.09270.77094.654329.07827.5136
33.10342.79281.27743.88642.95313.4646-0.2826-0.35290.0336-0.09460.2447-0.79930.5619-0.07360.03440.80860.0468-0.13320.4687-0.08330.68249.35513.90069.0498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid -10 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 285 through 337) or (resid 1000 through 1000 ))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 18 through 56 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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