PDB-5zgr: Crystal structure of NDM-1 at pH7.3 (HEPES) in complex with hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zgr

タイトル

Crystal structure of NDM-1 at pH7.3 (HEPES) in complex with hydrolyzed ampicillin

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1.
著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q.

履歴

登録	2018年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年12月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zgr.cif.gz	227.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zgr.ent.gz	181.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zgr_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zgr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5zgr_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	5zgr_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zgeC 5zgfC 5zgiC 5zgpC 5zgqC 5zgtC 5zguC 5zgvC 5zgwC 5zgxC 5zgyC 5zgzC 5zh1C 3q6x PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ey2-2 6zyp-1 6ol8-1 4eyb-2 4kdc-d 4ge1-4 4eyf-1 5zgp-1 4eyb-1 5zgq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (5) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

52.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.142, 79.215, 134.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ZZ7 / (2R,4S)-2-[(R)-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}(carboxy)methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / AMPICILLIN (open form) / (αR,2R)-α-[[(R)-アミノフェニルアセチル]アミノ]-4β-カルボキシ-5,5-ジメチルチアゾリジン-2α(以下略) 分子量: 367.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₃O₅S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.36 % / Mosaicity: 0.534 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.3, 20% PEG 3350, 20mg/ml ampicillin

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97922 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 139092 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.09 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 849054

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.15-1.19	6.3	0.514	13387	0.807	1	91
1.19-1.24	6.4	0.418	13347	0.841	1	90.8
1.24-1.3	6.4	0.334	13202	0.903	1	89.5
1.3-1.36	6.3	0.262	13180	0.984	1	89.3
1.36-1.45	6.1	0.2	13284	1.034	1	89.8
1.45-1.56	5.9	0.146	13633	1.12	1	92.1
1.56-1.72	5.7	0.114	14013	1.253	1	94.4
1.72-1.97	5.6	0.102	14571	1.465	1	97.4
1.97-2.48	5.7	0.07	14958	1.253	1	99.5
2.48-50	6.7	0.038	15517	1.236	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0218	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / WR_factor R_free: 0.1468 / WR_factor R_work: 0.1288 / FOM work R set: 0.9189 / SU B: 0.935 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0338 / SU R_free: 0.0323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1476	6951	5 %	RANDOM
R_work	0.129	-	-	-
obs	0.13	132045	93.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.42 Å² / B_iso mean: 17.641 Å² / B_iso min: 9.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3598	0	60	698	4356
B_iso mean	-	-	15.05	32.66	-
残基数	-	-	-	-	483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.948	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	3.003	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.15	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.534	24.699	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.362	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.859	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.337	3	7287
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.105	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.708	5	7517

LS精密化シェル

解像度: 1.148→1.178 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	478	-
R_work	0.187	8960	-
all	-	9438	-
obs	-	-	86.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.212	-0.4841	-0.8735	2.176	-3.7028	6.8992	0.0662	-0.1905	-0.211	-0.3386	0.0035	0.0818	0.6197	-0.0125	-0.0697	0.1503	-0.0883	-0.0098	0.1567	-0.0073	0.0133	-7.741	-36.016	30.418
2	8.476	-1.7011	-4.9875	2.2765	0.4961	11.3527	0.058	-0.2448	-0.0956	0.2463	0.0951	0.1042	0.4904	-0.3893	-0.1532	0.1227	-0.046	-0.0251	0.0619	0.0276	0.1324	-12.595	-40.838	22.405
3	4.5287	-0.6909	1.7086	0.9131	-0.332	2.807	-0.033	-0.0481	-0.1593	0.0611	0.026	0.0643	0.1655	0.0242	0.0069	0.0782	-0.0167	0.0013	0.0272	-0.0082	0.0569	-9.626	-34.247	19.225
4	0.8972	-0.1598	0.307	0.8893	0.1378	1.184	0.0403	0.092	-0.1103	-0.0572	-0.0145	0.048	0.1497	-0.0404	-0.0259	0.0743	-0.0107	-0.0116	0.0511	-0.0182	0.0547	-7.166	-33.205	12.22
5	0.6557	-0.0135	0.0498	0.4285	-0.0021	0.3808	-0.0083	0.0766	0.003	-0.0218	0.0024	0.0161	0.0303	-0.0315	0.0058	0.0471	-0.0055	-0.0043	0.0599	-0.0025	0.0439	-7.651	-18.049	12.05
6	0.8047	0.0543	0.2954	0.9589	0.057	0.5667	-0.0026	-0.0942	-0.0144	0.1257	-0.0214	0.0284	0.0299	-0.0373	0.0239	0.0499	-0.0046	0.0107	0.0682	-0.0009	0.0427	-14.853	-16.619	24.968
7	3.6982	3.1316	2.0752	4.2617	1.6257	2.0878	0.126	-0.3309	0.154	0.3145	-0.2346	0.1441	-0.1073	-0.1846	0.1087	0.0796	-0.0086	0.0249	0.0764	-0.0183	0.0347	-18.206	-13.498	30.674
8	7.7487	-0.0412	-0.0897	1.1918	2.055	3.5476	0.1705	0.143	0.2292	-0.1969	-0.071	-0.06	-0.357	-0.1078	-0.0995	0.1945	-0.0428	-0.0368	0.0908	0.0227	0.0269	5.753	23.382	27.106
9	7.2965	2.6559	0.3921	1.7569	0.4906	7.0479	-0.121	-0.0519	-0.2587	0.1717	0.0996	-0.2131	-0.6331	0.3853	0.0214	0.1473	-0.0102	-0.0152	0.0407	-0.0286	0.0748	3.026	28.125	18.076
10	2.7853	-0.0491	-1.9781	0.6993	-0.0133	4.5473	-0.0289	-0.1541	0.0937	0.096	0.0098	-0.0341	-0.0346	0.0524	0.0192	0.0661	0.0008	-0.0134	0.0426	0.0024	0.0672	2.379	21.016	16.85
11	0.3755	0.0052	-0.1047	0.6468	-0.2415	1.5058	-0.0004	0.0063	0.0768	0.0314	0.0116	0.0021	-0.0882	-0.0242	-0.0113	0.0517	0.0029	-0.0042	0.0503	0.0039	0.0621	-3.865	20.594	11.54
12	0.4788	-0.1646	0.0047	0.5418	-0.0954	0.1832	0.0014	0.0357	-0.0021	-0.0129	0.0035	0.024	-0.0078	-0.0306	-0.0048	0.0491	-0.0012	-0.0049	0.0591	0.0046	0.0547	-5.444	4.439	11.021
13	0.5151	0.0838	-0.0862	0.9191	-0.2164	0.6533	-0.0066	-0.0215	0.0292	0.0713	-0.0209	-0.0709	-0.0178	0.029	0.0274	0.0459	-0.0003	-0.0111	0.0669	0.006	0.0681	8.982	5.504	17.662
14	1.9127	1.8335	-0.9438	3.4049	-1.7751	3.1591	0.0827	-0.181	-0.0816	0.2194	-0.2004	-0.1342	0.1291	0.1511	0.1176	0.0493	-0.0022	-0.0151	0.0606	0.0189	0.0619	14.59	0.969	22.95

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	47 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	69 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	214 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	255 - 270
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	40 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	50 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	69 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	116 - 197
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	198 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	255 - 270

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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