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- PDB-5zgp: Crystal structure of NDM-1 at pH6.2 (Bis-Tris) in complex with hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zgp
タイトルCrystal structure of NDM-1 at pH6.2 (Bis-Tris) in complex with hydrolyzed ampicillin
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZZ7 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Zhang, H. / Hao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31670753 中国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1.
著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,45810
ポリマ－51,2642
非ポリマー1,1958
水11,926662
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3286
ポリマ－25,6321
非ポリマー6965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1304
ポリマ－25,6321
非ポリマー4983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.240, 79.130, 134.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 670分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-ZZ7 / (2R,4S)-2-[(R)-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}(carboxy)methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / AMPICILLIN (open form) / (αR,2R)-α-[[(R)-アミノフェニルアセチル]アミノ]-4β-カルボキシ-5,5-ジメチルチアゾリジン-2α(以下略)


分子量: 367.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 % / Mosaicity: 0.311 ° / Mosaicity esd: 0.005 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.2, 0.2M Li2SO4, 15% PEG 3350, 20mg/ml ampicillin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 139039 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.222 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.15-1.192.80.45113301.042177
1.19-1.243.70.382129320.912188.3
1.24-1.35.10.323134930.924191.7
1.3-1.365.10.245135830.958192.3
1.36-1.4550.185138101.017193.6
1.45-1.564.90.135141811.131196.1
1.56-1.724.90.099145521.074198.2
1.72-1.9750.08148601.296199.5
1.97-2.485.30.084149652.308199.9
2.48-505.60.041153331.173198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.087 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.034
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1574 6945 5 %RANDOM
Rwork0.1324 ---
obs0.1337 131984 93.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.79 Å2 / Biso mean: 19.532 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 67 662 4323
Biso mean--16.71 32.66 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9525243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9423.0038128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19124.41161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27815595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3841519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.22737358
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.715344
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.35657566
LS精密化 シェル解像度: 1.151→1.181 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 356 -
Rwork0.215 7458 -
all-7814 -
obs--71.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.114610.19133.73775.74281.741315.55590.6296-0.6758-0.8350.4187-0.4075-0.4737-2.51210.6626-0.2220.494-0.1656-0.01930.24350.14510.11656.97624.62425.644
23.899-0.2012-2.67711.52430.03046.23640.0851-0.22690.26610.1487-0.0024-0.0322-0.36360.0898-0.08280.0626-0.0078-0.02270.0173-0.00410.07821.74822.9217.148
30.8465-0.0695-0.09181.2428-0.66373.140.00820.03660.10250.05240.00460.0147-0.1835-0.0582-0.01290.0541-0.0023-0.00720.02770.00350.0822-3.73520.23611.591
40.7659-0.1338-0.01650.7543-0.12710.6498-0.00960.01710.00570.0073-0.0035-0.02190.00840.01230.01310.0585-0.0022-0.0030.02860.00670.07130.3954.94314.008
53.30882.783-2.81246.5592-5.11737.91310.0204-0.224-0.15430.1942-0.1772-0.17760.290.22630.15680.06070.0053-0.02070.04560.01620.083314.6330.98223.061
69.40952.44241.34473.6237-4.034811.17080.3366-0.1423-0.3759-0.1197-0.15270.34291.1675-0.6937-0.18390.2153-0.14960.02390.1629-0.1060.1528-10.242-36.90329.208
77.5034-0.30423.51141.9529-0.28264.68850.2088-0.1152-0.54090.096-0.00620.08960.428-0.0211-0.20250.1376-0.0124-0.0020.022-0.00660.1004-9.999-35.70518.825
81.445-0.01090.72511.48920.4573.11050.08640.1258-0.1541-0.0731-0.02670.02830.26370.0106-0.05970.1038-0.0001-0.01010.0284-0.0130.08-6.778-32.9712.453
91.102-0.0910.02790.95450.05290.7756-0.01470.0192-0.01450.0241-0.00310.06870.0444-0.05650.01790.0625-0.0052-0.00470.0293-0.0030.0697-10.517-17.59816.868
1012.3697-0.37191.8549.0919-1.98395.90050.0123-0.58790.40290.612-0.23230.0748-0.2062-0.09540.21990.16590.00020.02740.1072-0.03590.0455-15.193-9.23133.697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A43 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 254
5X-RAY DIFFRACTION5A255 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6B30 - 42
7X-RAY DIFFRACTION7B43 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8B68 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9B115 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10B264 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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