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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zdn | ||||||
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タイトル | The complex structure of FomD with CDP | ||||||
![]() | FomD | ||||||
![]() | HYDROLASE / metalloprotein | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF402 / FomD-like superfamily / Protein of unknown function (DUF402) / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / FomD![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sato, S. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Analysis of FomD That Catalyzes the Hydrolysis of Cytidylyl ( S)-2-Hydroxypropylphosphonate in Fosfomycin Biosynthesis. 著者: Sato, S. / Miyanaga, A. / Kim, S.Y. / Kuzuyama, T. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 758.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 759 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23995.363 Da / 分子数: 1 / 変異: L139F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fomD / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CDP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, magnesium chloride, PEG 8000, EtOH, CDP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月21日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 14166 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1015 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EXM 解像度: 2.02→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.75 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.02→48.28 Å
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拘束条件 |
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