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- PDB-4pmo: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmo
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c, monoclinic crystal form I
要素Tat-secreted protein Rv2525c
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Tat secretion GH25
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Rv2525c-like, glycoside hydrolase-like domain / Rv2525c-like, glycoside hydrolase-like domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Rv2525c-like glycoside hydrolase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Haouz, A. / Shepard, W. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
著者: Bellinzoni, M. / Haouz, A. / Miras, I. / Magnet, S. / Andre-Leroux, G. / Mukherjee, R. / Shepard, W. / Cole, S.T. / Alzari, P.M.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tat-secreted protein Rv2525c
B: Tat-secreted protein Rv2525c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,10924
ポリマ－50,9592
非ポリマー1,15122
水6,666370
1
A: Tat-secreted protein Rv2525c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,10113
ポリマ－25,4791
非ポリマー62112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tat-secreted protein Rv2525c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,00911
ポリマ－25,4791
非ポリマー52910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.442, 73.679, 74.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

21A-471-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 240 / Label seq-ID: 24 - 234

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Tat-secreted protein Rv2525c


分子量: 25479.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: MT2601 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P95028
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M Na formate, 100 mM sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→37.61 Å / Num. obs: 90524 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 75.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PMN

4pmn


解像度: 1.33→36.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16493 4528 5 %RANDOM
Rwork0.1495 ---
obs0.15027 85995 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.32 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.33→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 72 370 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7511.9334592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10637093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1995443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26723.288146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.71115480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5571520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0170.6841710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0170.6841711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6511.0242140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6511.0242141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8060.8611670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7420.8481650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7161.1982441
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.2446.794141
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.0716.1893980
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12322 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 279 -
Rwork0.35 5002 -
obs--77.28 %
精密化 TLS

T12: 0.0029 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3541-0.04370.23620.7778-0.03860.43470.00720.0051-0.0114-0.04310.0080.0111-0.0081-0.0168-0.01520.042-0.04370.0018-0.0020.0488Chain A-22.8728.9261.465
20.37830.04950.21960.8617-0.0290.4286-0.0136-0.0311-0.00470.0070.0045-0.0289-0.0041-0.00240.00910.0366-0.04650.0036-0.00130.0615Chain B-0.825-8.93126.008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B30 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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