ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SCALEPACKデータスケーリング REFMAC5.8.0189精密化 PDB_EXTRACT3.24 データ抽出 HKL-2000データ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 4MB6解像度 : 2→50 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.964 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.955 / SU B : 7.063 / SU ML : 0.096 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.15 / ESU R Free : 0.133 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1919 1269 4.6 % RANDOM Rwork 0.1602 - - - obs 0.1618 26119 96.27 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 107.91 Å2 / Biso mean : 27.793 Å2 / Biso min : 14.78 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.34 Å2 0.17 Å2 -0 Å2 2- - 0.34 Å2 0 Å2 3- - - -1.11 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2759 0 30 141 2930 Biso mean - - 27.9 29.37 - 残基数 - - - - 363
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.027 0.019 2852 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.004 0.02 2726 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.413 1.996 3875 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.173 3 6322 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.782 5 367 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.691 24.128 109 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.842 15 480 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.815 15 14 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.146 0.2 455 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.013 0.021 3156 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 552
LS精密化 シェル 解像度 : 2.003→2.055 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.27 80 - Rwork 0.223 1521 - all - 1601 - obs - - 76.31 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.3749 0.0219 0.1107 0.2635 -0.013 0.0985 -0.0063 0.0183 0.0317 0.0366 -0.0295 0.0187 0.0084 0.0196 0.0358 0.0243 -0.0031 -0.0024 0.019 -0.02 0.0953 42.7209 -29.9446 0.6844 2 0.8362 0.3056 0.3504 0.2541 0.2187 0.2058 -0.0548 0.0085 0.0548 -0.0323 -0.0251 0.1246 -0.0282 -0.0106 0.0799 0.0086 0.003 -0.0252 0.0154 -0.028 0.1198 22.7073 -30.2517 -9.3922
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A6 - 205 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B7 - 203