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Yorodumi- PDB-5znq: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5znq | ||||||
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Title | Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (P21 space group). | ||||||
Components | Adenine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / adenine phosphoribosyltransferase / adenine | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (P21 space group). Authors: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5znq.cif.gz | 154.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5znq.ent.gz | 121 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5znq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5znq_validation.pdf.gz | 1018.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5znq_full_validation.pdf.gz | 1020.3 KB | Display | |
Data in XML | 5znq_validation.xml.gz | 16.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5znq_validation.cif.gz | 23.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mb6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20165.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (bacteria) Strain: IP32953 / Gene: apt, YPTB0991 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.1 % / Mosaicity: 0.728 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate with 5mM adenine and 5% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 39740 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.918 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MB6 Resolution: 1.75→28.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.3 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0213 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 47.94 Å2 / Biso mean: 19.019 Å2 / Biso min: 8.78 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→28.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.728→1.773 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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