PDB-5yw5: Crystal structure of Adenine phosphoribosyltransferase from Franc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yw5

タイトル

Crystal structure of Adenine phosphoribosyltransferase from Francisella tularensis in complex with adenine

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of APRT from Francisella tularensis - an N-H···N hydrogen bond imparts adenine specificity in adenine phosporibosyltransferases.
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2017年11月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yw5.cif.gz	273.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yw5.ent.gz	221.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/5yw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/5yw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yw2SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x44-1 5y07-d 5yw2-2 1l1q-1 5yw2-1 5zc7-d 4lza-d 5zmi-1 4m0k-2 5b6h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

B: Adenine phosphoribosyltransferase

C: Adenine phosphoribosyltransferase

D: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

77.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine phosphoribosyltransferase

D: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenine phosphoribosyltransferase

C: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.015, 75.207, 171.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 19290.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: apt / プラスミド: LIC-PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0E2ZLA9, UniProt: Q5NII9*PLUS, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 % / Mosaicity: 0.489 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000, soaked with 5mM adenine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→44.4 Å / Num. obs: 56827 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 1.075 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	7.8	0.795	2756	0.814	0.302	0.852	0.781	99
1.93-1.97	8.1	0.671	2803	0.866	0.248	0.716	0.816	99.3
1.97-2.01	8.2	0.578	2740	0.897	0.213	0.617	0.856	99.1
2.01-2.05	8.2	0.515	2814	0.914	0.189	0.549	0.894	99.3
2.05-2.09	8.3	0.438	2781	0.931	0.16	0.466	0.93	99.5
2.09-2.14	8.4	0.364	2800	0.956	0.132	0.388	0.991	99.4
2.14-2.19	8.4	0.321	2827	0.967	0.116	0.341	1.007	99.5
2.19-2.25	8.5	0.295	2798	0.972	0.106	0.314	1.047	99.5
2.25-2.32	8.6	0.262	2805	0.978	0.094	0.279	1.065	99.6
2.32-2.39	8.8	0.239	2825	0.984	0.084	0.254	1.092	99.7
2.39-2.48	8.9	0.222	2810	0.983	0.078	0.236	1.125	99.8
2.48-2.58	8.9	0.191	2859	0.987	0.067	0.203	1.158	99.8
2.58-2.7	8.8	0.173	2817	0.989	0.061	0.183	1.226	99.9
2.7-2.84	8.8	0.142	2843	0.993	0.051	0.151	1.249	99.9
2.84-3.02	8.6	0.124	2893	0.993	0.045	0.132	1.339	100
3.02-3.25	8.4	0.103	2842	0.994	0.038	0.11	1.238	100
3.25-3.58	8.1	0.088	2879	0.995	0.033	0.094	1.238	100
3.58-4.09	7.9	0.076	2894	0.996	0.029	0.081	1.148	100
4.09-5.16	7.7	0.07	2940	0.997	0.027	0.075	1.11	99.9
5.16-44.4	7.7	0.066	3101	0.997	0.025	0.071	1.093	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YW2

5yw2

解像度: 1.9→44.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 7.384 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.1469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.145
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2321	2774	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1804	-	-	-
obs	0.1829	53991	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.45 Å² / B_iso mean: 28.213 Å² / B_iso min: 16.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5253	0	40	216	5509
B_iso mean	-	-	40.71	27.45	-
残基数	-	-	-	-	699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.019	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.367	2.008	7429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.164	3	12553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.918	5	718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.471	24.926	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.387	15	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.443	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1043

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	174	-
R_work	0.236	3886	-
all	-	4060	-
obs	-	-	98.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2931	-0.1126	-0.2013	0.2201	-0.0933	0.353	0.0017	0.0236	0.025	-0.0138	0.0021	-0.0014	0.0447	-0.0763	-0.0038	0.0349	-0.0302	0.0151	0.0519	-0.018	0.0117	12.9952	-3.4324	12.6352
2	0.3293	-0.0364	-0.1441	0.157	0.1625	0.5423	0.0042	0.0153	0.0229	0.0341	0.0742	-0.0684	0.0334	0.0547	-0.0785	0.0298	0.0196	-0.01	0.0388	-0.0308	0.031	15.6284	-2.5015	58.0115
3	0.4236	-0.2421	0.0298	0.4607	0.0877	0.4438	0.0312	0.0502	0.0043	0.0032	-0.0252	0.0424	-0.0061	-0.0691	-0.006	0.0269	0.0209	-0.0134	0.0303	-0.0077	0.0219	-5.551	1.421	52.895
4	0.5569	0.0538	-0.1752	0.2343	-0.0403	0.4726	0.0528	-0.0952	0.0786	-0.0349	-0.0468	-0.0391	0.0195	0.069	-0.006	0.0313	-0.0093	0.0067	0.0308	0.0011	0.027	34.18	1.2614	16.8094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 201

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関連情報:EMDBヘッダ

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