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Yorodumi- PDB-5zc7: Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zc7 | ||||||
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Title | Crystal structure of APRT from Y. pseudotuberculosis with bound adenine (P63 space group). | ||||||
Components | Adenine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / adenine phosphoribosyltransferase / metal mediated assembly / adenine | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pseudotuberculosis serotype I | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Yersinia pseudotuberculosis Authors: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zc7.cif.gz | 153.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zc7.ent.gz | 120.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zc7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5zc7_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5zc7_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 5zc7_validation.xml.gz | 16.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5zc7_validation.cif.gz | 23.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zc7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mb6SC 5zmiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 20165.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pseudotuberculosis serotype I (strain IP32953) (bacteria) Strain: IP32953 / Gene: apt, YPTB0991 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 150 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NI / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-ACT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate with 5mM adenine, 1mM Nickel Chloride and 5% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.9677 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER R 4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 28327 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 299633 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MB6 Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.063 / SU ML: 0.096 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.133 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.91 Å2 / Biso mean: 27.793 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.003→2.055 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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