PDB-5z94: Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z94

タイトル

Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide

要素

Gene for histone H3 (germline gene)
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Zhang, X. / Li, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide
著者: Zhang, X. / Li, H.

履歴

登録	2018年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5z94.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5z94_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z94_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	5z94_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	5z94_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z94	HTTPS FTP

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

C: Gene for histone H3 (germline gene)

D: Gene for histone H3 (germline gene)

ヘテロ分子

67.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

C: Gene for histone H3 (germline gene)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
33.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

D: Gene for histone H3 (germline gene)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.472, 76.260, 75.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3 分子量: 31427.162 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド	Gene for histone H3 (germline gene) 分子量: 1650.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9H1G0

#1: タンパク質

NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3

分子量: 31427.162 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#2: タンパク質・ペプチド

Gene for histone H3 (germline gene)

分子量: 1650.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9H1G0

-
非ポリマー , 5種, 517分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60593 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.542 / Num. unique obs: 3065 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.899→37.636 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	2779	4.59 %
R_work	0.1607	-	-
obs	0.1621	60593	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→37.636 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4406	0	62	507	4975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	6246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.273	2750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	812

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.899-1.9317	0.2896	105	0.2347	2733	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9317-1.9669	0.2485	125	0.218	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9669-2.0047	0.2392	186	0.1991	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0047-2.0456	0.2079	158	0.1778	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0456-2.0901	0.1914	133	0.1566	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0901-2.1387	0.1945	145	0.1608	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1387-2.1922	0.1846	130	0.1546	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.2514	0.198	152	0.1511	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.3177	0.1766	127	0.148	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3177-2.3925	0.1795	115	0.1552	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3925-2.478	0.2356	119	0.1652	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.5772	0.1756	130	0.1636	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5772-2.6944	0.232	144	0.1698	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6944-2.8364	0.2129	174	0.1643	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-3.0141	0.2164	166	0.1637	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.2467	0.1734	129	0.1656	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2467-3.5732	0.1632	142	0.1547	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5732-4.0897	0.1585	131	0.1443	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0897-5.1505	0.151	120	0.1368	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1505-37.6438	0.2107	148	0.1758	2963	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4386	-0.5534	0.5531	0.7433	-0.5652	0.8073	0.0091	-0.1906	0.0698	0.2164	0.0192	-0.0359	-0.3405	-0.22	0	0.2138	0.0202	0.025	0.2738	-0.0216	0.1736	-15.9256	-1.3334	17.2126
2	-0.0016	-0.0105	-0.0276	0.0124	0.0365	0.0383	-0.0045	0.0776	-0.5802	0.4437	-0.0665	-0.7834	-0.1578	0.4172	-0.0002	0.359	-0.1109	-0.004	0.5229	0.0537	0.3969	7.7634	-0.2539	-3.4535
3	0.2268	0.0904	-0.127	0.4148	-0.0589	0.013	-0.1832	-0.0655	0.0523	0.1483	0.0585	-0.3664	0.0147	0.1926	-0	0.1932	0.0313	-0.037	0.158	0.0203	0.2006	2.3964	3.8922	-13.5171
4	0.508	0.5146	-0.1177	0.9812	0.1738	0.7314	-0.0115	0.0244	-0.0226	-0.1407	-0.0718	-0.0937	0.0858	-0.1693	0	0.1982	0.0062	0.0185	0.2179	0.0302	0.1805	-12.025	-8.4986	4.0738
5	0.5417	0.377	0.1201	-0.3075	-0.2512	1.25	-0.118	0.0346	-0.1001	0.0191	0.059	0.0589	0.1918	-0.1407	-0	0.2058	0.0067	0.0157	0.1217	0.0181	0.1639	-9.7754	-2.6446	-16.0439
6	0.1461	0.0132	-0.1666	0.5833	-0.3226	0.5577	0.0293	0.0182	0.1972	0.1019	0.0302	0.0525	-0.4362	-0.3155	-0.0001	0.2429	0.0734	0.0177	0.2855	-0.0061	0.2528	-17.8551	6.5097	5.0548
7	1.4271	0.3213	0.3532	0.9352	-0.7829	2.316	-0.0016	-0.4093	0.0263	0.2452	-0.085	-0.149	-0.2062	0.0086	-0.07	0.1447	0.0096	0.0122	0.1909	-0.0379	0.1414	-10.3997	-1.9289	15.8593
8	0.3507	-0.2792	0.3738	0.7463	-0.561	0.5581	0.0807	-0.1246	-0.2883	-0.1554	-0.0264	0.1803	0.1218	-0.2084	0.0044	0.1583	-0.0319	0.0023	0.2821	0.0146	0.2262	-43.7708	21.6633	-27.1156
9	0.1323	-0.2373	0.0729	0.911	-0.2456	0.0546	0.3974	0.5844	-0.3142	-0.8556	0.1559	0.2389	-0.3655	0.3277	0.0822	0.4071	0.0912	-0.0142	0.5918	-0.1138	0.3976	-14.756	20.6558	-39.4231
10	0.0921	-0.1598	-0.1188	0.4076	0.164	0.1351	0.0272	0.2114	0.1281	-0.3922	0.0557	-0.0048	0.1363	0.1002	0.0002	0.2405	0.001	-0.021	0.1715	0.0453	0.1744	-8.139	16.459	-30.2454
11	0.7194	-0.1487	0.0504	1.1007	0.528	0.473	0.0511	-0.2063	0.0793	-0.0062	-0.0991	-0.1362	-0.0096	-0.0229	-0	0.1627	0.0178	0.001	0.2066	0.0169	0.1891	-30.2331	28.8175	-24.9068
12	1.0284	-0.465	0.4859	-0.3508	0.1693	0.6485	-0.01	-0.1055	0.2057	0.0317	0.0536	0.0406	-0.0153	-0.0094	0.0013	0.1586	0.0105	-0.0115	0.1103	0.0108	0.202	-11.1351	22.9648	-18.1873
13	0.4732	-0.2686	0.237	0.5708	0.0305	0.2099	0.0637	-0.2857	-0.3381	0.0405	0.0391	0.1043	0.2722	-0.1889	0.0001	0.2243	-0.0281	0.018	0.2833	0.0638	0.2269	-33.3543	14.7602	-19.772
14	2.1216	-0.6255	0.4952	1.0899	-0.2832	1.6113	0.1383	0.1281	-0.2149	-0.2375	-0.0814	0.171	0.0931	-0.2874	0.0097	0.1342	-0.0408	0.0141	0.1728	-0.0043	0.1531	-39.7711	21.1926	-30.7575
15	0.2702	-0.0806	-0.235	0.0382	0.0736	0.1974	-0.135	-0.1573	0.4231	0.276	0.3218	0.3228	-0.6736	-0.229	0.016	0.4751	0.0888	-0.0031	0.1528	0.0021	0.3656	-11.1036	13.23	-5.1929
16	0.173	0.0208	0.0069	0.0259	0.0217	0.0495	0.1181	-0.0717	-0.3507	0.2808	0.1613	0.6362	0.4562	-0.0802	-0.003	0.3849	-0.0325	-0.0134	0.1529	0.0655	0.4015	-21.5219	7.0539	-21.6612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 122 through 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 153 through 169 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 170 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 240 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 241 through 299 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 300 through 333 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 334 through 394 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 122 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 153 through 169 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 170 through 198 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 199 through 240 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 241 through 299 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 300 through 327 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 328 through 394 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 7 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 7 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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