PDB-5z47: Crystal structure of pyrrolidone carboxylate peptidase I with dis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z47

タイトル

Crystal structure of pyrrolidone carboxylate peptidase I with disordered loop A from Deinococcus radiodurans R1

要素

Pyrrolidone-carboxylate peptidase

キーワード

HYDROLASE / omega peptidase / pyroglutamate / exopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Agrawal, R. / Kumar, A. / Kumar, A. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of pyrrolidone-carboxylate peptidase I from Deinococcus radiodurans reveal the mechanism of L-pyroglutamate recognition.
著者: Agrawal, R. / Singh, R. / Kumar, A. / Kumar, A. / Makde, R.D.

履歴

登録	2018年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	5z47.cif.gz	176.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z47.ent.gz	139.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5z47_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
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CIF形式データ	5z47_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z47	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5z48C 5z40S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z48-1 3lx6-d 5z40-1 4gxh-d 3mgf-d 1pnv-d 5cqg-2 3saj-1 5hax-d 6i59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

ヘテロ分子

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

ヘテロ分子

A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.317, 47.171, 105.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-585- HOH
2	1	B-571- HOH

#1: タンパク質	Pyrrolidone-carboxylate peptidase / 5-oxoprolyl-peptidase / Pyroglutamyl-peptidase I / Pyrase 分子量: 23277.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: pcp, DR_0490 / プラスミド: pST50TR / 詳細 (発現宿主): pET3a-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q9RX25, pyroglutamyl-peptidase I
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月28日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→38.33 Å / Num. obs: 46549 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2462 / CC_1/2: 0.875 / R_pim(I) all: 0.388 / R_rim(I) all: 0.586 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z40

5z40

解像度: 1.7→29.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	2251	4.84 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.2083	46547	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3082	0	8	360	3450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	4400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.604	1911
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	588

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.737	0.3214	125	0.2687	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.737-1.7774	0.2923	132	0.2579	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8218	0.2839	149	0.2416	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8218-1.8711	0.2776	126	0.2425	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.9261	0.283	130	0.2451	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9261-1.9883	0.2562	147	0.2311	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9883-2.0593	0.2692	146	0.2257	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0593-2.1417	0.227	136	0.2122	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2392	0.2415	163	0.2043	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2392-2.3572	0.258	142	0.2083	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3572-2.5048	0.2374	149	0.2031	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5048-2.6981	0.233	148	0.2031	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6981-2.9694	0.2839	125	0.2047	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9694-3.3985	0.2339	146	0.2019	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3985-4.2798	0.2058	133	0.1819	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2798-29.7745	0.2031	154	0.188	2735	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0438	0.7605	1.2058	3.2678	-0.6871	5.4239	0.0079	0.0112	0.1119	0.0786	0.0083	0.1628	-0.2696	0.0428	0.035	0.1173	-0.0388	-0.0041	0.0847	-0.0227	0.0935	-18.1702	-11.118	10.7574
2	1.6576	0.3199	0.5126	1.0532	0.0352	1.8776	-0.0673	0.1637	0.0737	-0.0094	0.0552	-0.116	-0.1691	0.2591	0.0166	0.1508	-0.0082	0.0011	0.1254	-0.0148	0.1201	-16.6833	-13.3751	4.4715
3	7.2543	0.1769	1.2987	3.1286	4.4474	6.7303	-0.1791	-0.2648	1.4406	0.1638	-0.7583	0.3642	-1.2774	-0.3824	0.9768	0.5085	-0.0363	-0.1386	0.3838	-0.0347	0.5639	-27.5749	-3.7678	-10.1316
4	1.7711	-0.2924	-0.375	0.2509	-0.3314	5.1917	0.0688	0.0429	-0.0243	-0.0494	0.0248	0.0239	0.0624	0.1149	-0.1118	0.1339	-0.0163	-0.0091	0.0997	-0.0452	0.1417	-22.7611	-23.0127	-0.4551
5	2.0406	-0.0015	-0.2672	3.2187	-1.6864	6.0512	-0.0223	0.0799	0.0089	-0.0522	0.0753	-0.1472	-0.0474	0.4312	-0.1316	0.1285	-0.0381	-0.0001	0.1362	-0.0339	0.1168	-15.3018	-12.8645	-6.0237
6	2.0364	-0.3739	-1.815	1.3017	0.5808	2.9481	0.112	-0.007	0.23	-0.0048	0.0308	0.0685	-0.1577	0.0215	-0.1458	0.1186	-0.004	-0.0022	0.0641	0.0109	0.1101	-29.7235	-13.7061	5.9184
7	4.9262	-5.9301	-3.9217	8.4845	3.2839	5.7078	-0.1811	-0.217	0.2267	0.281	0.2154	-0.3088	0.2111	0.2881	0.0667	0.1195	-0.036	-0.0382	0.0988	-0.0107	0.1142	-20.0189	-22.6188	12.5999
8	4.9951	-0.5075	-0.1902	4.1849	0.269	5.7483	0.0292	0.1262	-0.2996	0.0271	-0.0051	0.063	0.1798	-0.104	-0.007	0.1113	-0.0094	-0.0137	0.0685	-0.0505	0.1108	-41.7999	-28.8945	-28.0194
9	3.486	0.1485	1.2279	2.6231	-0.6799	2.3579	-0.0481	0.2578	-0.2098	-0.0613	0.0552	-0.1012	0.0477	0.2192	-0.0506	0.1757	-0.0076	-0.0017	0.1601	-0.0619	0.1234	-34.8112	-29.761	-31.4544
10	1.2757	0.3431	0.1725	1.6212	-0.5597	2.0676	-0.0251	-0.017	0.0386	-0.0056	0.083	-0.1017	-0.0761	0.2778	-0.0636	0.0789	-0.0057	-0.0019	0.0998	-0.0205	0.1043	-36.1169	-21.7274	-19.6606
11	3.8072	5.0124	2.0092	8.0535	0.5502	4.709	0.6709	-0.3383	-0.6155	0.5635	-0.6444	0.4275	1.3023	-0.2956	-0.1859	0.6999	0.0139	-0.0268	0.4293	-0.0799	0.4224	-27.8224	-36.1476	-10.6195
12	4.4193	-0.0904	1.5684	0.4243	-0.5901	2.4978	-0.0307	0.0255	-0.0736	0.0723	0.0559	-0.0148	-0.0665	0.1408	-0.0034	0.1517	-0.0235	-0.0014	0.1042	-0.0444	0.1237	-33.4282	-17.0808	-19.0339
13	4.7782	-1.3513	-4.2474	4.5741	-0.0395	8.2463	-0.1382	0.1769	-0.0236	-0.0048	0.2093	-0.1706	0.0181	0.2591	-0.0619	0.1169	-0.0127	-0.0127	0.1564	-0.0375	0.122	-25.4625	-27.1021	-22.8667
14	5.5862	0.7638	-1.8662	1.0683	-0.2831	1.0768	0.0288	-0.1773	-0.3089	0.0735	-0.0955	-0.026	-0.0682	0.1577	0.1105	0.1655	-0.0152	-0.0217	0.1245	0.0042	0.1343	-42.7813	-26.2102	-15.9527
15	3.8037	4.7402	-4.213	8.7472	-4.5929	5.2706	-0.1429	0.1446	0.1352	-0.3235	0.0951	0.0543	-0.0209	0.0005	-0.0498	0.1416	-0.0029	-0.0341	0.1233	-0.0069	0.1068	-44.0548	-17.276	-27.6643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 142 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 143 through 157 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 158 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 192 through 210 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 27 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 86 through 105 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 106 through 142 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 143 through 157 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 158 through 191 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 192 through 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)