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- PDB-6i59: Long wavelength native-SAD phasing of Sen1 helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i59
タイトルLong wavelength native-SAD phasing of Sen1 helicase
要素Helicase SEN1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Sen1 helicase / Super family 1B / Long-wavelength native-SAD phasing / native-SAD / S-SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / snRNA processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing / termination of RNA polymerase II transcription ...negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / snRNA processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / transcription-coupled nucleotide-excision repair / cell redox homeostasis / replication fork / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / hydrolase activity / nuclear body / protein domain specific binding / mRNA binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal ...Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Helicase SEN1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Basu, S. / Olieric, V. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Leonarski, F. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. ...Basu, S. / Olieric, V. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Leonarski, F. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Diederichs, K. / Yamamoto, M. / Bunk, O. / Wang, M.
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges.
著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Bunk, O. / Diederichs, K. ...著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Bunk, O. / Diederichs, K. / Yamamoto, M. / Wang, M.
#1: ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges.
著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Bunk, O. / Diederichs, K. ...著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Bunk, O. / Diederichs, K. / Yamamoto, M. / Wang, M.
#2: ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges
著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Diederichs, K. / ...著者: Basu, S. / Olieric, V. / Leonarski, F. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Takashi, T. / Huang, C.Y. / Yamada, Y. / Vera, L. / Olieric, N. / Basquin, J. / Wojdyla, J.A. / Diederichs, K. / Yamamoto, M. / Bunk, O. / Wang, M.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helicase SEN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,37366
ポリマ－85,1661
非ポリマー5,20765
水19,6361090
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14100 Å2
ΔGint149 kcal/mol
Surface area30900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.830, 171.600, 69.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2378-

HOH

21A-3109-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Helicase SEN1 / tRNA-splicing endonuclease positive effector


分子量: 85166.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEN1, YLR430W, L9576.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q00416, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 6種, 1155分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1090 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 18% PEG 2K 0.1M MOPS 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 2.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射モノクロメーター: Si (1,1,1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 23557 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 49.12 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.0318 / Net I/σ(I): 31.08
反射 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 37.88 % / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 1653 / CC1/2: 0.693 / Rrim(I) all: 0.4279 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→48.551 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 1177 5 %
Rwork0.1692 --
obs0.1714 23538 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5393 0 337 1090 6820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6587656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7173469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.08430.55341380.51482651X-RAY DIFFRACTION96
3.0843-3.24680.26891440.23612727X-RAY DIFFRACTION98
3.2468-3.45020.22711450.15752744X-RAY DIFFRACTION99
3.4502-3.71650.22231460.15762770X-RAY DIFFRACTION99
3.7165-4.09040.19261470.13942812X-RAY DIFFRACTION100
4.0904-4.68180.1691480.12062812X-RAY DIFFRACTION100
4.6818-5.8970.19461500.15862850X-RAY DIFFRACTION100
5.897-48.5580.21941590.19152995X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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