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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gxh
タイトルCrystal Structure of a Pyrrolidone-carboxylate peptidase 1 (target ID NYSGRC-012831) from Xenorhabdus bovienii SS-2004
要素Pyrrolidone-carboxylate peptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase ...Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pyrrolidone-carboxylate peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus bovienii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Pyrrolidone-carboxylate peptidase 1 (target ID NYSGRC-012831) from Xenorhabdus bovienii SS-2004 (CASP Target)
著者: Ghosh, A. / Bhoshle, R. / Toro, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
C: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
D: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,07913
ポリマ－93,4634
非ポリマー6179
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.179, 117.179, 186.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
詳細There is 1 biological unit (a tetramer) in the asymmetric unit (chain A, B, C, D)

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要素

#1: タンパク質
Pyrrolidone-carboxylate peptidase / 5-oxoprolyl-peptidase / Pyroglutamyl-peptidase I


分子量: 23365.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii (バクテリア)
株: SS-2004 / 遺伝子: pcp, XBJ1_1667 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pRIL / 参照: UniProt: D3V0W1, pyroglutamyl-peptidase I
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M Na2HPO4/KH2PO4, 2.5 M Sodium Chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 68317 / Num. obs: 40725 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 59.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.063 / Χ2: 1.227 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.755.30.8934331.5311100
2.75-2.85.30.70833951.5061100
2.8-2.855.30.62534321.4691100
2.85-2.915.30.53734351.4541100
2.91-2.975.30.40933951.41100
2.97-3.045.30.32934001.3941100
3.04-3.125.30.27234261.3261100
3.12-3.25.30.23434051.3271100
3.2-3.35.30.18634291.2781100
3.3-3.45.40.13834151.1871100
3.4-3.525.30.11534301.171100
3.52-3.665.40.10234321.1171100
3.66-3.835.30.08833681.0681100
3.83-4.035.30.08334511.0691100
4.03-4.295.30.07533931.012199.9
4.29-4.625.30.07134061.088199.6
4.62-5.085.30.06634271.001199.9
5.08-5.815.20.05634171.0181100
5.81-7.325.20.0534311.067199.9
7.32-505.40.03733971.066199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A low resolution de-novo phased structure

解像度: 2.7→45.691 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE UNMODELED DENSITIES NEAR CYS143 (PUTATIVE NUCLEOPHILE) SIDE CHAINS IN ALL PROTOMERS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1821 5.01 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.1782 36353 99.77 %-
all-40725 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.47 Å2 / Biso mean: 47.7633 Å2 / Biso min: 11.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6154 0 29 96 6279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3838669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811016
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9082278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.77310.29071360.244325982734100
2.7731-2.85470.28161310.258626312762100
2.8547-2.94680.32361430.248425992742100
2.9468-3.05210.27271120.235126322744100
3.0521-3.17420.30761430.224626232766100
3.1742-3.31870.27171420.214726362778100
3.3187-3.49360.22791510.194726152766100
3.4936-3.71240.21521300.181326372767100
3.7124-3.99890.22541500.162826562806100
3.9989-4.4010.1971330.140226582791100
4.401-5.03710.16381520.128926712823100
5.0371-6.34350.1861430.160127242867100
6.3435-45.69760.20031550.16782852300799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4289-0.16980.16483.33230.53463.6262-0.1523-1.1539-0.70060.15580.1865-0.73530.8537-0.34160.11180.59710.22010.02230.46060.03760.7301-37.649-2.58068.6369
21.3374-0.5815-0.7391.71290.26270.6923-0.31040.3505-0.6575-0.4272-0.0881-0.15210.74950.1948-0.03930.80340.09170.22190.2202-0.15430.5964-40.2137-1.0972.659
32.0096-0.0280.09493.2617-3.14354.5891-0.4887-0.6856-0.5445-0.1760.2538-0.50370.2962-0.38580.1450.50220.23810.14660.55140.09440.7619-21.25494.79187.23
40.3651-0.31780.20891.0132-0.93850.9038-0.36780.3392-0.2613-0.56810.0754-0.08760.27170.0310.06560.56990.09410.08120.3406-0.10830.396-37.11339.2434-1.336
51.2677-0.0464-1.22683.17590.95772.073-0.0905-0.0944-0.2566-0.07710.15860.0344-0.4832-0.1150.1060.41910.09450.00090.2309-0.00430.4461-40.04456.893111.9235
62.9043-0.6110.69252.2376-0.48445.51860.21050.0591-0.5089-0.35480.09710.64850.37990.21070.01920.41180.0217-0.0260.217-0.14770.578-51.19344.31875.449
75.0588-0.4818-0.44115.16171.21347.0729-0.1160.3439-0.217-0.2824-0.17120.4604-0.3854-0.8150.29440.22470.06150.05370.3252-0.02590.446-62.203314.522532.6402
82.28970.3762-0.75332.42170.79271.9163-0.0467-0.32280.27330.188-0.14330.32450.0353-0.20580.16630.24640.06910.03940.3818-0.03950.3382-53.805923.555338.2221
92.4447-0.101-0.8891.2341.39322.48820.01940.00960.1895-0.1975-0.0417-0.03240.12830.577-0.13270.24560.06570.0260.2997-0.0150.3652-51.584518.147727.3877
105.0479-0.0912-0.53655.75070.58238.9836-0.4335-0.45-0.4607-0.0529-0.2652-0.03520.3519-0.22210.2580.30410.02080.07390.22910.03440.4453-53.74267.100735.1502
114.28970.9775-0.62961.7706-1.21515.3483-0.1809-0.62690.31050.11150.0811-0.36660.19740.79270.13640.3562-0.0349-0.12960.5415-0.08940.3927-19.482537.979737.7239
122.4324-0.23770.74950.9859-0.15611.55650.0977-0.8610.2190.35570.1052-0.1613-0.09740.5665-0.18830.3521-0.0365-0.07790.6573-0.09550.4111-25.627634.962343.1734
131.7687-0.09720.86315.34910.52461.7252-0.1367-0.2847-0.17250.1004-0.0169-0.42280.0392-0.05750.31710.42220.148-0.06810.78460.20550.3811-29.462517.940944.6512
141.54180.2593-0.44260.9613-0.53121.22080.2246-0.68720.20630.1656-0.13150.3216-0.16450.3258-0.08180.31180.0461-0.01010.522-0.08350.3192-35.260235.157640.8103
154.3387-0.803-3.13253.58943.79888.7306-0.1778-0.2244-0.1139-0.0026-0.1693-0.16690.09370.21180.20480.17840.0498-0.08760.42830.04070.2607-26.587932.005331.4004
163.0596-1.9065-2.36385.30553.73233.07410.1152-0.46341.26380.34180.2073-0.9838-0.44210.6993-0.16690.384-0.0436-0.07440.3659-00.4857-25.655644.53631.4136
177.5201-0.4632-0.29474.51610.68055.32740.35420.18160.1605-0.4757-0.3601-0.2756-0.5268-0.02610.18150.4129-0.03780.06070.40250.14270.3578-20.085439.09641.7458
181.12570.5990.21092.1169-0.40321.8945-0.2290.38690.0069-0.81310.251-0.3525-0.0920.0255-0.02860.5743-0.00620.11730.37670.06040.311-23.095632.8473-3.6871
191.7684-1.0269-0.65627.43322.61091.0897-0.35260.11430.4884-0.36520.18490.0947-0.3096-0.19440.24160.69070.1195-0.15610.44030.03190.4034-40.139929.0897-5.2883
201.32980.37850.2661.98790.08762.0402-0.1390.2643-0.4308-0.67960.1379-0.34060.01320.36090.09040.52970.06740.10590.38310.04040.374-22.103723.7572-2.09
218.7034-2.6635-2.20022.46852.30512.7018-0.74240.1579-0.14490.56370.14250.07180.1133-0.43520.39980.35880.0541-0.00760.30870.03410.3267-31.917235.706316.107
225.5125-0.7537-1.98745.03761.24339.00650.22270.04320.0059-0.60870.0053-0.9856-0.42260.9613-0.08740.2159-0.0110.03840.32170.03490.4658-12.710831.57396.7664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 18 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 84 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 104 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 157 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 185 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 186 through 203 )A0
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 35 through 157 )B0
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 186 through 205 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 35 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 36 through 84 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 85 through 104 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 105 through 157 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 158 through 185 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 186 through 203 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 35 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 36 through 84 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 85 through 104 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 105 through 168 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 169 through 185 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 186 through 206 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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