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Yorodumi- PDB-5z47: Crystal structure of pyrrolidone carboxylate peptidase I with dis... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z47 | ||||||
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Title | Crystal structure of pyrrolidone carboxylate peptidase I with disordered loop A from Deinococcus radiodurans R1 | ||||||
Components | Pyrrolidone-carboxylate peptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / omega peptidase / pyroglutamate / exopeptidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / proteolysis / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Agrawal, R. / Kumar, A. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2019 Title: Crystal structures of pyrrolidone-carboxylate peptidase I from Deinococcus radiodurans reveal the mechanism of L-pyroglutamate recognition. Authors: Agrawal, R. / Singh, R. / Kumar, A. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z47.cif.gz | 176.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z47.ent.gz | 139.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z47.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5z47_validation.pdf.gz | 453 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5z47_full_validation.pdf.gz | 458 KB | Display | |
Data in XML | 5z47_validation.xml.gz | 20.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5z47_validation.cif.gz | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z47 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5z48C 5z40S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23277.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) Strain: R1 / Gene: pcp, DR_0490 / Plasmid: pST50TR / Details (production host): pET3a-based / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Rosetta / References: UniProt: Q9RX25, pyroglutamyl-peptidase I #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch / pH: 6.5 / Details: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.97947 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 28, 2017 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→38.33 Å / Num. obs: 46549 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2462 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 0.586 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5Z40 Resolution: 1.7→29.77 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→29.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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