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- PDB-5z1z: The apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z1z
タイトルThe apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Escherichia coli
要素D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mixed acid fermentation / D-lactate dehydrogenase / D-lactate dehydrogenase activity / NADH binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / response to heat / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding / D-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Sequential Allosteric Transitions in Tetrameric d-Lactate Dehydrogenases from Three Gram-Negative Bacteria.
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
C: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
D: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3736
ポリマ－146,2434
非ポリマー1302
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.600, 150.490, 62.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 329 / Label seq-ID: 1 - 329

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding


分子量: 36560.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: ECBD_2243 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A140N893, UniProt: P52643*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.24 Å / Num. obs: 90771 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 11859 / CC1/2: 0.597 / Rpim(I) all: 0.325 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
ADSCデータ収集
SCALAデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J49

1j49


解像度: 1.97→48.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.91 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22735 4550 5 %RANDOM
Rwork0.20391 ---
obs0.20509 86162 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9745 0 8 148 9901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0199908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.029567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9713379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.479321982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.28851248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43924.6450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.537151744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7521554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4372.4265016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4372.4265015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5663.6246256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5663.6246257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2132.8594892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2132.8594892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9094.1517123
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5319.88510897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.53419.85210861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A190300.11
12B190300.11
21A191780.1
22C191780.1
31A184880.12
32D184880.12
41B192300.1
42C192300.1
51B187190.11
52D187190.11
61C185700.11
62D185700.11
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 308 -
Rwork0.295 5519 -
obs--84.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45980.0811-0.58830.263-0.07530.8132-0.0136-0.1197-0.0412-0.0073-0.0287-0.0493-0.0210.08590.04230.1068-0.0022-0.00880.13350.02310.061297.526618.591323.8747
20.44650.3744-0.31820.3407-0.18950.62870.01540.042-0.0562-0.02080.0139-0.0484-0.1083-0.0309-0.02930.117-0.02140.05020.0854-0.04660.0853112.478827.219-6.1724
31.2173-0.1831-0.9450.25090.06940.80670.0638-0.0472-0.09160.0989-0.0752-0.0358-0.16940.11170.01140.1844-0.12060.08120.079-0.05040.1149119.873760.724913.8394
41.31220.7236-0.37590.4515-0.31440.32980.03020.06730.07730.07970.08340.0742-0.1464-0.1178-0.11360.12410.03670.12120.0714-0.01240.16786.699956.691423.8001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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