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- PDB-5z20: The ternary structure of D-lactate dehydrogenase from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z20
タイトルThe ternary structure of D-lactate dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with NADH and oxamate
要素D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ternary complex / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Sequential Allosteric Transitions in Tetrameric d-Lactate Dehydrogenases from Three Gram-Negative Bacteria.
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
B: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
C: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
D: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
E: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
F: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,51726
ポリマ－226,9976
非ポリマー5,52020
水16,358908
1
A: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
B: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
C: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
D: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,99818
ポリマ－151,3314
非ポリマー3,66714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21870 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area44900 Å2
手法PISA
2
E: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
F: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子

E: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
F: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,03816
ポリマ－151,3314
非ポリマー3,70712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
Buried area20990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area46930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.690, 155.690, 230.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-571-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 328
2010B0 - 328
1020A0 - 329
2020C0 - 329
1030A0 - 327
2030D0 - 327
1040A0 - 329
2040E0 - 329
1050A0 - 328
2050F-6 - 328
1060B0 - 328
2060C0 - 328
1070B-9 - 327
2070D-1 - 327
1080B0 - 328
2080E0 - 328
1090B-10 - 328
2090F-8 - 328
10100C0 - 327
20100D0 - 327
10110C0 - 329
20110E0 - 329
10120C0 - 328
20120F-6 - 328
10130D0 - 327
20130E0 - 327
10140D-1 - 327
20140F-7 - 327
10150E0 - 328
20150F-6 - 328

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
D-lactate dehydrogenase (Fermentative)


分子量: 37832.754 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ldhA, PA0927 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q9I530, D-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 928分子

#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 mM NADH, 10 mM oxamate, 100 mM sodium formate, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.4 Å / Num. obs: 161477 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 22650 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.293 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
ADSCデータ収集
SCALAデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J49

1j49


解像度: 2.2→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.189 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19891 8080 5 %RANDOM
Rwork0.17065 ---
obs0.17206 153341 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.08 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15290 0 366 908 16564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01916022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0215166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.97421795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.589334553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70951988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50523.003766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.104152406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.62215145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0218465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.023998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2952.3357967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2952.3357968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1833.4879950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1833.4889951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8472.8328055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8472.8328055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7734.08311846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.34819.89518463
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.34819.89518463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A194810.09
12B194810.09
21A196500.09
22C196500.09
31A197020.08
32D197020.08
41A198160.08
42E198160.08
51A194830.09
52F194830.09
61B197210.08
62C197210.08
71B198730.07
72D198730.07
81B196660.08
82E196660.08
91B196490.09
92F196490.09
101C199080.07
102D199080.07
111C200210.07
112E200210.07
121C195900.08
122F195900.08
131D198910.07
132E198910.07
141D197360.08
142F197360.08
151E196070.09
152F196070.09
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 551 -
Rwork0.239 10876 -
obs--95.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1729-0.09990.06890.0839-0.1120.273-0.01250.0191-0.02550.00090.00570.01040.01030.00640.00680.041-0.0142-0.01390.05170.00330.076426.170447.6237-19.7673
20.3314-0.1427-0.01160.2706-0.03770.12630.0057-0.02230.01320.05360.0336-0.0198-0.07470.0067-0.03930.0795-0.0051-0.00090.04360.00940.038915.88580.8076-13.3535
30.4064-0.0716-0.00080.1744-0.21750.33460.07780.1068-0.0021-0.00330.01820.03550.0039-0.0684-0.0960.0310.0371-0.01820.11330.02050.05332.703667.2032-54.0166
40.3796-0.033-0.01650.09050.00660.26070.08330.0945-0.00390.0234-0.0594-0.0136-0.05930.0398-0.02390.04960.01060.01730.10220.04560.04836.999475.092-53.8599
50.3559-0.2069-0.03910.6660.00480.1471-0.08540.00240.0830.16330.1432-0.0230.02590.0118-0.05780.06780.0661-0.02720.0943-0.00830.037340.715799.7223-97.0597
60.5021-0.34940.28650.3808-0.14690.267-0.038-0.0219-0.0830.13420.09630.0421-0.0098-0.0115-0.05830.09470.07640.00410.07180.01810.041850.743765.4215-94.2608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 328
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 329
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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