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万見
- PDB-5yyz: Crystal structure of the MEK1 FHA domain in complex with the HOP1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyz
タイトルCrystal structure of the MEK1 FHA domain in complex with the HOP1 pThr318 peptide.
要素
  • Meiosis-specific protein HOP1
  • Meiosis-specific serine/threonine-protein kinase MEK1
キーワードTRANSFERASE / MEK1 / HOP1 / Meiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic recombination checkpoint signaling / HSF1-dependent transactivation / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / lateral element / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / four-way junction DNA binding / cellular response to oxidative stress ...meiotic recombination checkpoint signaling / HSF1-dependent transactivation / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / lateral element / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / four-way junction DNA binding / cellular response to oxidative stress / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Meiosis-specific protein Hop1 / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...Meiosis-specific protein Hop1 / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiosis-specific protein HOP1 / Meiosis-specific serine/threonine-protein kinase MEK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Xie, C. / Li, F. / Jiang, Y. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the recognition of phosphorylated Hop1 by Mek1
著者: Xie, C. / He, C. / Jiang, Y. / Yu, H. / Cheng, L. / Nshogoza, G. / Ala, M.S. / Tian, C. / Wu, J. / Shi, Y. / Li, F.
履歴
登録2017年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiosis-specific serine/threonine-protein kinase MEK1
B: Meiosis-specific protein HOP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6212
ポリマ－17,6212
非ポリマー00
水1,928107
1
A: Meiosis-specific serine/threonine-protein kinase MEK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1071
ポリマ－16,1071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Meiosis-specific protein HOP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5141
ポリマ－1,5141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.640, 38.183, 54.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Meiosis-specific serine/threonine-protein kinase MEK1


分子量: 16107.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MEK1, MRE4, YOR351C, O6357
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P24719, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Meiosis-specific protein HOP1


分子量: 1513.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: UniProt: P20050
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→40 Å / Num. obs: 15415 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.525 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.866.20.54715220.8770.2340.5960.44698.6
1.86-1.946.80.42115330.9370.1720.4550.45299.9
1.94-2.036.70.28515420.970.1180.3090.45999.5
2.03-2.136.60.19815220.9830.0830.2150.46599.3
2.13-2.276.50.14515210.9890.0610.1580.50198.4
2.27-2.446.90.11615270.9930.0470.1250.49799.5
2.44-2.696.80.08615550.9960.0350.0930.49999.7
2.69-3.086.70.05815360.9980.0240.0630.57598.7
3.08-3.886.80.04215710.9990.0170.0450.62199.6
3.88-406.50.0415860.9980.0160.0430.72198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G6G

1g6g


解像度: 1.798→33.701 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 693 4.5 %
Rwork0.1882 14714 -
obs0.1897 15407 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.76 Å2 / Biso mean: 36.3355 Å2 / Biso min: 14.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.798→33.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数882 0 0 107 989
Biso mean---48.7 -
残基数----109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7941217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.868538
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7976-1.93640.24431390.20862900303998
1.9364-2.13120.27021340.19372932306699
2.1312-2.43960.22671190.19192930304999
2.4396-3.07330.23041510.21092944309599
3.0733-33.70710.20851500.17383008315899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.1255 Å / Origin y: 12.7781 Å / Origin z: 33.1246 Å
111213212223313233
T0.1435 Å2-0.0106 Å20.028 Å2-0.11 Å2-0.0047 Å2--0.2188 Å2
L4.1115 °2-0.1166 °21.1532 °2-1.2826 °2-0.2657 °2--5.3485 °2
S0.0149 Å °-0.1105 Å °0.061 Å °0.0119 Å °0.0236 Å °-0.0325 Å °-0.0555 Å °0.0617 Å °-0.0448 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA21 - 138
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 153
3X-RAY DIFFRACTION1allS156 - 185
4X-RAY DIFFRACTION1allB315 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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