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万見
- PDB-5yyr: Structure K106A thaumatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyr
タイトルStructure K106A thaumatin
要素Preprothaumatin I
キーワードPLANT PROTEIN / Sweet-tasting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Masuda, T. / Kigo, S. / Ohta, K. / Mitsumoto, M. / Mikami, B. / Suzuki, M. / Kitabatake, N. / Tani, F.
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2018
タイトル: Positive Charges on the Surface of Thaumatin Are Crucial for the Multi-Point Interaction with the Sweet Receptor.
著者: Masuda, T. / Kigo, S. / Mitsumoto, M. / Ohta, K. / Suzuki, M. / Mikami, B. / Kitabatake, N. / Tani, F.
履歴
登録2017年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprothaumatin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7466
ポリマ－22,1701
非ポリマー5765
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.639, 57.639, 149.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Preprothaumatin I / Thaumatin


分子量: 22169.941 Da / 分子数: 1 / 変異: K106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A1IIJ1, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M ADA, 0.75M potassium sodium tartrate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→50 Å / Num. obs: 110727 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 60.68
反射 シェル解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 5.54 / Num. measured obs: 5158 / CC1/2: 0.899 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3al7

3al7


解像度: 1.07→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 --RANDOM
Rwork0.121 ---
obs0.126 110509 100 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 36 / Occupancy sum hydrogen: 1422 / Occupancy sum non hydrogen: 1860
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 38 300 2036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0169
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0344
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0916
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.0963
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.0061
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0509
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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