PDB-5yye: DNA polymerase IV - ternary complex 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yye

タイトル

DNA polymerase IV - ternary complex 16

要素

DNA polymerase IV
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.325 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yye.cif.gz	359.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yye.ent.gz	287.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yye_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yye_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5yye_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	5yye_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yurC 5yusC 5yutC 5yuuC 5yuvC 5yuwC 5yuxC 5yuyC 5yuzC 5yv0C 5yv1C 5yv2C 5yv3C 5yydC 5zlvC 6ig1C 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN2

H: DTN2

B: DTN2

C: DTN2

ヘテロ分子

102 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN2

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN2

C: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.300, 56.950, 110.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖	DTN2 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-TTW / 5'-O-[hydroxy{[hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]thymidine / 5′-O-[[(ホスホノアミノ)ホスホニルオキシ]ホスホニル]チミジン分子量: 481.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₃O₁₃P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97264 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.325→86 Å / Num. obs: 46597 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.33→2.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6752 / CC_1/2: 0.674 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 2.325→65.236 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 30.94
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2551	4472	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2002	-	-	-
obs	0.2031	43574	96.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.325→65.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1338	62	97	6871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7031
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	9791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.132	4072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1030

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.325-2.3514	0.3353	184	0.339	2860	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3514-2.3791	0.4419	136	0.3253	2745	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3791-2.4081	0.4087	176	0.3216	2715	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4081-2.4386	0.329	138	0.3168	2784	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4386-2.4707	0.2887	170	0.3028	2793	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4707-2.5045	0.3416	144	0.2981	2676	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5045-2.5403	0.3869	132	0.3063	2723	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5403-2.5782	0.3412	145	0.3042	2626	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5782-2.6185	0.3969	154	0.308	2667	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6185-2.6615	0.3893	127	0.3063	2744	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6615-2.7073	0.381	170	0.2884	2857	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7073-2.7566	0.3478	154	0.2709	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7566-2.8096	0.2947	180	0.2589	2727	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8096-2.8669	0.3316	138	0.2487	2816	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8669-2.9293	0.3298	146	0.2596	2707	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9293-2.9974	0.3354	132	0.2415	2818	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9974-3.0724	0.3262	132	0.2421	2657	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0724-3.1555	0.2982	141	0.236	2750	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1555-3.2483	0.2839	139	0.2293	2752	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2483-3.3531	0.2574	140	0.2016	2811	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3531-3.473	0.2321	121	0.2057	2798	X-RAY DIFFRACTION	97
3.473-3.612	0.2917	150	0.196	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.612-3.7764	0.2648	154	0.1882	2822	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7764-3.9755	0.2311	184	0.178	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9755-4.2245	0.24	108	0.1658	2733	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2245-4.5506	0.2357	149	0.1549	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5506-5.0084	0.2244	152	0.1585	2821	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0084-5.7328	0.2146	168	0.1656	2816	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7328-7.2212	0.2312	157	0.1783	2685	X-RAY DIFFRACTION	95
7.2212-65.2618	0.1298	151	0.1274	2754	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1082	-0.0294	1.6557	2.5068	-0.2749	3.4812	-0.1049	0.2677	0.0203	-0.205	-0.1183	-0.9273	0.0131	0.1549	0.2221	0.317	-0.0306	0.039	0.3618	-0.0282	0.8031	4.9984	-14.7954	-70.3869
2	1.588	-0.8581	0.6157	2.5973	0.4992	1.7169	-0.1616	0.2394	0.8832	-0.3719	-0.3092	0.2561	-0.487	-0.1172	0.4307	0.436	0.0614	-0.2048	0.4443	-0.0219	0.9429	-12.3742	2.4265	-69.6552
3	2.3388	-1.7264	-0.1598	3.4117	-0.4128	2.7355	-0.2681	-0.2913	0.0248	0.6046	-0.0466	-0.2185	-0.2307	-0.0261	0.3011	0.4425	0.0312	-0.1936	0.3689	-0.0772	0.8293	1.5059	-15.4654	-44.6368
4	4.6288	-0.6539	0.2122	3.3789	-0.6247	2.1958	-0.3476	-0.4303	0.4917	-0.0598	0.2346	0.2234	0.2643	-0.8432	0.0727	0.2914	-0.1118	0.014	0.7628	-0.2432	0.5531	-30.4076	-19.8414	-64.356
5	3.9025	0.0244	0.0788	2.7897	0.6211	2.7936	0.0455	-0.1121	-0.3714	0.6297	0.112	-0.5278	0.2476	0.5192	-0.1405	0.708	0.129	-0.2027	0.5482	-0.0318	0.6127	-28.0172	-9.1604	3.4294
6	3.9625	-0.6199	-0.8432	4.1513	-0.2298	4.9194	0.3458	-0.2881	0.4549	0.2798	-0.0462	-0.5899	-0.7506	0.6553	-0.3269	0.6547	-0.0818	-0.02	0.5032	-0.0817	0.6462	-25.7126	7.7163	-14.4041
7	3.139	0.5128	-0.0954	4.7376	-0.5275	3.1083	0.0741	0.002	-0.043	-0.06	0.0058	0.4486	0.2571	-0.4531	-0.1121	0.6473	0.0018	0.0248	0.4834	0.0336	0.4442	-52.7596	-9.9954	-4.5267
8	2.4694	-0.6778	-0.3858	5.2787	-0.9822	4.8537	0.0125	0.1689	-0.3103	0.1485	-0.1373	-0.2054	0.4644	0.5426	0.1466	0.485	0.1739	-0.0322	0.5917	-0.0742	0.5315	-27.6299	-15.8504	-32.4124
9	2.8656	0.967	0.5236	2.7439	-1.7225	1.1987	-0.1843	-0.5292	-0.2862	-0.0932	-0.1182	-0.1424	0.2505	-0.362	0.2503	0.3762	-0.0086	0.0869	0.6018	-0.1027	0.7178	-18.3438	-25.1636	-52.8414
10	1.331	2.005	0.8457	5.017	1.9535	0.7368	0.1771	-0.1673	-0.2112	0.0036	-0.2603	-0.1489	0.1382	-0.3915	0.0311	0.7396	-0.0209	-0.0999	0.6123	-0.066	0.6768	-42.4829	-20.94	-23.9285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 11 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 165 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 241 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 11 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 241 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 860 through 873 ) or chain 'G' and (resid 838 through 854) or chain 'F' and (resid 900 through 902)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 837 through 854 ) or chain 'C' and (resid 857 through 873) or chain 'A' and (resid 900 through 902)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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