PDB-5yxm: Crystal structure of Chlamydomonas Outer Arm Dynein Light Chain 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yxm

タイトル

Crystal structure of Chlamydomonas Outer Arm Dynein Light Chain 1

要素

Dynein light chain 1, axonemal

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / MOTOR PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

outer dynein arm / motile cilium / microtubule
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.545 Å

データ登録者

Toda, A. / Tanaka, H. / Nishikawa, Y. / Yagi, T. / Kurisu, G.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biophys Rev / 年: 2018
タイトル: Structural atlas of dynein motors at atomic resolution.
著者: Toda, A. / Tanaka, H. / Kurisu, G.

履歴

登録	2017年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yxm.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yxm.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yxm_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yxm_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	5yxm_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5yxm_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a9nS 3ozxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h4c-d 5y3s-3 4irg-1 2h4h-d 3cnh-1 4irh-1 6mew-1 6tpr-d 4hu7-3 6ywi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dynein light chain 1, axonemal

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.536, 69.230, 74.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dynein light chain 1, axonemal / DNAL1 / Flagellar outer arm dynein light chain 1 / ODA-LC protein LC1 分子量: 22591.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LC1, CHLREDRAFT_186669 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XHH2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.545→50 Å / Num. obs: 41149 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.85 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 36.49
反射シェル	解像度: 1.545→1.58 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.946 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 2043 / CC_1/2: 0.734 / R_pim(I) all: 0.384 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A9N, 3OZX

1a9n

3ozx

解像度: 1.545→36.85 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.48

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	2020	4.92 %	Random
R_work	0.1693	-	-	-
obs	0.1703	41088	99.06 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.545→36.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1530	0	15	204	1749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	2245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.621	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5445-1.5831	0.2408	127	0.2354	2472	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5831-1.626	0.2411	127	0.2109	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.626-1.6738	0.2407	142	0.1996	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6738-1.7278	0.1909	142	0.1834	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7278-1.7896	0.1885	123	0.1809	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8612	0.1965	129	0.1679	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8612-1.9459	0.1838	148	0.1713	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9459-2.0485	0.1995	160	0.1612	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0485-2.1768	0.1731	169	0.1598	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1768-2.3449	0.1931	160	0.1564	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3449-2.5808	0.1919	149	0.1613	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5808-2.9541	0.1896	147	0.1737	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9541-3.7213	0.1923	135	0.1719	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7213-36.8609	0.1688	162	0.1578	2928	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9881	-0.2027	-1.0467	4.5942	-0.3997	0.2612	-0.0049	0.0158	0.0333	0.0131	0.1963	0.6428	-0.0995	-0.4494	-0.1326	0.14	0.0417	0.0078	0.197	0.0512	0.2252	6.0796	70.4343	26.3632
2	5.3731	1.563	-0.8542	8.383	-1.408	2.6361	0.0219	-0.3334	0.122	0.6869	0.0711	0.1721	-0.449	-0.4114	-0.0548	0.2919	0.0665	0.0377	0.2021	-0.0204	0.1646	11.8999	75.7531	36.3195
3	3.1574	1.0141	0.9733	5.0256	0.8793	4.5082	0.039	-0.0201	0.0538	0.1377	0.0285	0.1951	-0.124	-0.2577	-0.0466	0.0808	0.016	0.0209	0.0961	0.0099	0.1205	14.6851	69.4962	26.5886
4	3.8006	2.1165	0.9996	5.4965	0.2777	3.808	0.0146	0.0185	0.0708	0.0174	-0.041	0	-0.1708	-0.0287	0.0238	0.0607	0.02	0.0144	0.0763	0.0094	0.082	20.6269	66.8898	24.8734
5	6.4487	3.6864	2.1398	8.6253	2.9593	6.8843	-0.098	0.3385	0.101	-0.3383	0.0979	-0.4114	-0.292	0.3627	-0.0089	0.0992	0.0311	0.0148	0.1274	0.0505	0.1293	28.1403	66.9051	20.1017
6	4.1303	1.2367	-0.1947	6.9825	0.8018	3.1063	0.0608	-0.0049	-0.0301	0.0499	-0.104	-0.0807	-0.0725	-0.0572	0.0587	0.0464	0.0177	0.0057	0.0663	0.0271	0.0678	25.5538	59.8496	26.7934
7	2.4659	-0.996	0.154	4.1064	0.669	1.4567	0.0038	0.0779	0.1567	-0.106	-0.0348	-0.2652	-0.0604	0.1605	0.0219	0.091	-0.0082	-0.0049	0.1101	0.0191	0.0846	33.3046	57.194	24.3677
8	6.6122	0.5473	-3.2531	2.0857	2.8926	7.4027	0.0676	-0.4273	0.4883	0.1496	0.126	-0.4369	-0.3733	0.4966	-0.2549	0.1747	-0.0099	-0.0559	0.1655	-0.022	0.2534	38.4839	61.2295	31.8644
9	0.9236	-0.8273	0.9816	5.6231	1.0166	3.0201	0.06	0.0411	-0.1137	0.0451	-0.007	-0.0231	0.173	0.1217	-0.0518	0.0704	0.0041	0.0101	0.1025	-0.0026	0.0938	34.267	42.8754	28.221
10	2.884	0.924	-3.9151	2.2767	-0.4885	6.7517	0.1002	-0.2086	0.3553	0.124	-0.0496	-0.3538	-0.636	0.7166	-0.1576	0.17	-0.0542	-0.0579	0.2226	-0.0096	0.1911	42.4121	53.3982	32.6919
11	5.858	-3.7724	5.1907	3.8364	-3.7214	4.6134	-0.0732	-0.3199	-0.1449	0.1981	0.1148	0.0802	-0.0944	-0.2824	-0.0603	0.1257	0.0145	-0.0161	0.1484	-0.0016	0.1214	36.6215	48.1721	38.9949
12	7.328	-4.9846	-2.1956	5.3545	5.0889	7.5427	0.3443	0.4146	0.4926	-0.9815	-0.068	-0.7733	-0.6637	0.2767	-0.2129	0.2674	-0.0442	0.0291	0.2214	-0.0102	0.2355	48.3614	47.2212	35.6788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 3:17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 18:26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 27:55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 56:81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 82:93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 94:106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 107:135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 136:144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 145:169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 170:177
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and resid 178:188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain A and resid 189:196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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