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- PDB-5ywv: Crystal structure of TREX1 in complex with a inosine contained ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywv
タイトルCrystal structure of TREX1 in complex with a inosine contained ssDNA
要素
  • INOSINE CONTAINED SSDNA
  • Three-prime repair exonuclease 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / exonuclease / DEDDh family / protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding / T cell antigen processing and presentation / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / MutLalpha complex binding / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of immunoglobulin production / 3'-5'-DNA exonuclease activity / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of T cell activation / DNA catabolic process / regulation of cellular respiration / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA metabolic process / DNA duplex unwinding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to UV / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / kidney development / DNA damage checkpoint signaling / protein-DNA complex / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hsiao, Y.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyMOST103-2311-B-009-001-MY3 台湾
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for overhang excision and terminal unwinding of DNA duplexes by TREX1
著者: Huang, K.W. / Liu, T.C. / Liang, R.Y. / Chu, L.Y. / Cheng, H.L. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
C: INOSINE CONTAINED SSDNA
D: INOSINE CONTAINED SSDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,69714
ポリマ－60,2514
非ポリマー44610
水3,135174
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
C: INOSINE CONTAINED SSDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2596
ポリマ－30,1252
非ポリマー1344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
2
B: Three-prime repair exonuclease 1
D: INOSINE CONTAINED SSDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4388
ポリマ－30,1252
非ポリマー3136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.192, 80.713, 85.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / DNase III


分子量: 27987.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖 INOSINE CONTAINED SSDNA


分子量: 2137.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 184分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES MONOHYDRATE PH 6.0, 20%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 20577 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXM

3mxm


解像度: 2.3→29.31 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1594 7.77 %
Rwork0.159 --
obs0.164 20526 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 168 24 174 3848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9655174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9781408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.37430.27751450.18781692X-RAY DIFFRACTION100
2.3743-2.45910.2191640.17441656X-RAY DIFFRACTION100
2.4591-2.55750.25281420.181714X-RAY DIFFRACTION100
2.5575-2.67390.25561350.17021705X-RAY DIFFRACTION100
2.6739-2.81470.24021430.17991714X-RAY DIFFRACTION100
2.8147-2.99090.24691480.18071706X-RAY DIFFRACTION100
2.9909-3.22160.24011390.17981705X-RAY DIFFRACTION100
3.2216-3.54530.24391360.15791730X-RAY DIFFRACTION100
3.5453-4.05710.18821670.14441731X-RAY DIFFRACTION100
4.0571-5.10720.17471310.12661756X-RAY DIFFRACTION99
5.1072-29.30740.2071440.15371823X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.1873 Å / Origin y: 7.7346 Å / Origin z: -21.9613 Å
111213212223313233
T0.183 Å20.0066 Å2-0.0042 Å2-0.1337 Å2-0.0109 Å2--0.1464 Å2
L1.3632 °2-0.0208 °2-0.1489 °2-0.6738 °2-0.1683 °2--0.7219 °2
S-0.0331 Å °-0.0357 Å °-0.0215 Å °0.0086 Å °0.0496 Å °0.0271 Å °-0.0029 Å °-0.0217 Å °-0.018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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